| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 3,267,810 | T→G | 28.8% | L171V (TTG→GTG) | eamA → | putative amino‑acid metabolite efflux pump |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 3,267,810 | 0 | T | G | 28.8% | 23.5 / 4.5 | 26 | L171V (TTG→GTG) | eamA | putative amino‑acid metabolite efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/14); new base G (6/2); total (10/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTA > KT2440/3267686‑3267937 | gATGGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGGGCCCATGCTGGGGTGGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTg < 2:136363/135‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTg < 1:169934/133‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTg < 3:272407/133‑1 (MQ=255) cGGCAGCGAAGACCGCGGCCATGTGCACATGATGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTCCGATGTGGTGCCAGGGCAACATCATTACCAGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑CTTGCTGCTCCgggg > 3:81882/1‑135 (MQ=255) ggCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACCTCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGCCCTGGTCGC‑GGTGGGGGTCTGGGGt > 7:2234/1‑135 (MQ=255) ggCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTGGGTGAGCTGGGGt > 8:17625/1‑135 (MQ=255) cGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GGTGGTGGTGTGGGGTGTGCt > 6:37866/1‑135 (MQ=255) cGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGGGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCt < 8:216370/135‑1 (MQ=255) gTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTc < 5:20585/135‑1 (MQ=255) gtgGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCAGGGGTGGGGTGATTCCGCCACATACATTCATGGCCCTGTGCTGGTGGCTGGAAGGcc > 8:7856/1‑135 (MQ=255) gTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAgc < 1:120829/135‑1 (MQ=255) gTGCGATGGGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAgc < 6:3652/135‑1 (MQ=255) agacagtgtgGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAgc < 3:140479/129‑1 (MQ=255) tgtgGGGCCTGGGCAACATCATTCCCCGACGGTTCGGCGCGGTCGACCTGGTCGG‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGGCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTg < 1:134431/135‑1 (MQ=255) ggtgGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTg < 2:269870/134‑1 (MQ=255) ggCCGGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCGCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCAt < 4:165683/135‑1 (MQ=255) gCAACATCATTACCCGAGGGTGCGGCGCGGTCGACCTGGGCGC‑GTTGGTGTTCTGGGGTGGGCTGATACCGGCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTgg < 4:81882/135‑1 (MQ=255) aaCATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCGGATACCGCCACTTACATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGCAGGCCCCCAGCGCATTGGCCATGCCCTgtct > 4:140479/1‑132 (MQ=255) aCATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GGTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATTACCCCCCATAGCTTGCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGTAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCATgggc > 3:108794/1‑132 (MQ=255) ggTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GGTGGTGTTGTGGGGTGGGGTGATACCGCCACTTGCATTCCGGGCACGGTCCGGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCAATGGGCCTGCCTTGGGCAATATCAGTTgggg > 7:124258/1‑131 (MQ=255) ttCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGGTGGGGTTATGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTTTCCTGGTGGGGGGGAGGCCCCGAGCGCATTTGCCATGCCTTGGGCAATATCAGTTGGCGttg > 8:123030/1‑134 (MQ=255) ttCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GGTTGGGTTCTGGGGTGGGGGGGTACCGCCCCATCCATTCCTGGCCCTGTCCTGGTGGGTGGAAGGCCCCCAGCGCATTGGCCATGGCATGGGCAATATAAGTTGGAGTTCg > 4:297918/1‑135 (MQ=255) tCGAGCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGccc < 3:219000/135‑1 (MQ=255) tCGACCTGGTCGC‑GGTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGccc < 6:228957/135‑1 (MQ=255) tCGACCTGGTCGC‑GGTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGccc < 7:133725/135‑1 (MQ=255) tCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTa < 1:22737/133‑1 (MQ=255) | GATCGGCAGCGAAGACGGCGGCCATGTGCCCATGCTGGCGTTGGTGCTGACCCTGTGTGGCGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGC‑GTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTA > KT2440/3267686‑3267937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |