| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 99.1% | 5122.4 / 26.1 | 1473 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/7); new base C (743/717); total (749/724) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1556 total aligned reads displayed.
GGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑CCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786272‑2786545 | accaccATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑cccc < 2:3169759/140‑1 (MQ=255) ccaccaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATCAACGTCCAGATTGCCACTCTCGCTTGTCGTACCTGTGGAAATA‑ccccc > 2:6243747/1‑139 (MQ=255) ccaccaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑ccccc < 2:10214497/140‑2 (MQ=255) ccaccaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑ccccc > 2:3843517/1‑139 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑cccccgtca < 1:1395296/140‑6 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑cccccgtca < 2:186036/140‑6 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATg > 2:8437645/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATg > 2:4354131/1‑140 (MQ=255) aaTGAGTATTCCATTCGCTCTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGaa > 1:5138027/1‑140 (MQ=255) aTGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTCTAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAAt < 2:5441207/140‑1 (MQ=255) aGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGa < 2:918302/140‑1 (MQ=255) aGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGa < 1:5712307/140‑1 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACt > 1:8135383/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGt > 1:6831891/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGt > 2:8227796/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGt < 1:289092/140‑1 (MQ=255) ttCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGcc < 1:9836982/140‑1 (MQ=255) ttCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGcc > 1:10590802/1‑140 (MQ=255) ttCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGcc < 1:2693043/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 2:10544946/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 2:595697/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 2:2649853/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 2:9385333/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 1:5341009/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCATTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 2:9811629/140‑1 (MQ=255) ccgcccccccgccctCGCCGCGTCAAGCACCGCCCTTAATGCTCGTTCCATTGCTGATACCCCCACTATAAACGTCCTGAGTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 2:6405749/133‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:6078877/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:6441004/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:3058043/140‑1 (MQ=255) tccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑ccc > 1:1224443/1‑106 (MQ=255) ccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGt < 1:6987622/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:4186187/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:950606/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:2070097/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:10867031/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:7205077/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:2257456/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:2005928/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGAGAAGCACCGCCCTTAAGTGTCGTTCCCTTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:8079606/140‑1 (MQ=255) gcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:6295846/134‑1 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 2:4068281/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:8621747/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:2488713/1‑140 (MQ=255) gAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGc < 2:1475060/140‑1 (MQ=255) gAAGCACCGCCCTTAAGTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGGACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGc < 2:491308/140‑1 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:10050405/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt > 1:461347/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt > 1:9275235/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTAATAAACGTCCTGATTGCAACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTTTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTTTTAt > 2:738058/1‑140 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 1:1035296/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 1:8442537/1‑140 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 2:3642279/1‑140 (MQ=255) cTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCtat < 2:5639193/140‑1 (MQ=255) gATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGc > 1:4296817/1‑108 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg > 2:3336129/1‑97 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGAATTATTAGCCTGCCCCACAAAAATGTTATGACTTCCAATATc > 2:8979081/1‑140 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCt > 2:871755/1‑107 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 2:5109568/1‑140 (MQ=255) tttATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATc > 1:7092964/1‑140 (MQ=255) tttATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATc > 1:7499597/1‑140 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccac < 1:3898344/140‑1 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccac < 1:4487754/140‑1 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCAAGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAAAGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccac > 2:1282237/1‑140 (MQ=255) aaaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccacca > 1:782331/1‑140 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:1871036/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:2340697/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑CCCCAGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:3317572/113‑1 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:5777519/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:5238077/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:785205/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCAACCAGAtta > 2:7123939/1‑139 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 2:4764097/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 1:6713998/1‑140 (MQ=255) gCCACTCTCTATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATGGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:8603132/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTTGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:3489752/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:5587079/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:8227797/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:1543611/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:1002046/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:669278/140‑1 (MQ=255) aCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTc > 1:5883735/1‑140 (MQ=255) ctctCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTcc < 1:9645175/140‑1 (MQ=255) tcGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt > 1:10737533/1‑135 (MQ=255) tcGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCAtt > 1:8770603/1‑140 (MQ=255) gATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt > 2:10390247/1‑100 (MQ=255) gATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAg > 2:1661784/1‑140 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg > 1:3775643/1‑57 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGata < 2:453228/106‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:4091658/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc > 1:4968868/1‑140 (MQ=255) gTACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcccc < 2:7684199/140‑1 (MQ=255) tACCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:2535134/54‑1 (MQ=255) aCCTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGc < 2:2975468/140‑1 (MQ=255) ccTGTGGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGcc > 1:4785615/1‑140 (MQ=255) tgtgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAt > 1:1677711/1‑140 (MQ=255) tgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATg > 1:8975374/1‑139 (MQ=255) tgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGa > 2:7487259/1‑140 (MQ=255) tgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGa > 2:10718064/1‑140 (MQ=255) tgGAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGa > 2:6910392/1‑140 (MQ=255) ggAAATACCCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt < 2:9630921/85‑1 (MQ=255) | GGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑CCCC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786272‑2786545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |