| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 44.4% | 62.1 / 35.6 | 54 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/4); new base A (0/24); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGA > NC_000913/29346‑29643 | tttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAatat < 2:403406/151‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt < 1:871528/151‑1 (MQ=255) aaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATcc < 1:482393/151‑1 (MQ=255) tttGTTCCTTTTTTTTTTGTTCTTTTTTTTTTAATGCATTTTTCTGGCTGCCAAGGCGTTTCCC‑AAAACAGTTA‑AGTTAATTTTTTTTTCGTTTATTCCT‑TGTAAAAAAGACATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGt < 2:70500/151‑1 (MQ=255) tcccATTTTTTTCTGCTGTTTTTTTTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGAAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATAATTTTTTTGTCGTTTAATCCC‑TGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa < 1:355371/148‑1 (MQ=255) gTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa > 2:1250540/1‑150 (MQ=255) gTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa > 1:1007503/1‑150 (MQ=255) ttttttttGCTCTTTTTTTTTTCATCAATTTTTCTTCCGGCGAAAGTTTTTCCA‑AGAAAAGTTA‑AAATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCC‑TGAAAAACATGCAGGAGCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 1:281463/151‑1 (MQ=255) tttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGAAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg > 2:884990/1‑150 (MQ=255) aagTTTTTATTTCATGAAATTTTTTTGCTGGAAAAGCTTTTCCC‑AGAACAGGTA‑AGATGATCTTTTTTTCGTATATGGCC‑TAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtc < 2:41473/149‑1 (MQ=255) gTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct > 2:1022940/1‑150 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATTAGTCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 2:218009/1‑150 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 2:1249927/1‑150 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtc > 1:41479/1‑148 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCCGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 2:296222/1‑150 (MQ=255) ttttttTCATGCATTTTTTTTGCTGCGAAGGCGTTTCCC‑AGAAAAGTTT‑AGATGATTTTTTTTTCGTTTAATGCC‑TTTAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAg < 1:267182/151‑1 (MQ=255) ttttCATGCATTTTTTTTCCCCCGCAAGGTTTTCCC‑AAAACGTGTA‑AAATGATTTTTTTTTTGTTTAATCCC‑TGAAAAACTGGCAGGTCCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAAt < 1:296290/150‑1 (MQ=255) gCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGTATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg > 2:875184/1‑151 (MQ=255) 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TTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGA > NC_000913/29346‑29643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |