| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 281,089 | 0 | A | C | 53.2% | 55.3 / 74.0 | 48 | Y299D (TAT→GAT) | yagA | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/5); new base C (0/25); total (17/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.61e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.10e-08 | |||||||||||
GTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGT > NC_000913/280945‑281232 | gTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCCCAGACTTACCCCTTTCCCGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGCAGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGa > 1:671721/1‑151 (MQ=255) ccccTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCg > 2:4043/1‑151 (MQ=255) tGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCAGGTAc < 2:13041/151‑1 (MQ=255) ccTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCat > 1:596865/1‑151 (MQ=255) ccTTGCCTGCCCTCAGACTTCCCCCTTCCCCGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCCCCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCa < 2:390247/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATc > 2:331356/1‑150 (MQ=255) ccggcgcCCAGACTTCCCCCTTCCCCCCCCAGTTTTCCGTGGATATCCCCTTCCCGGCCCTCCCCCCCTTCTTCGTATCCGGGGGGCG‑TGGT‑GTTGCCGCTGTCCTCCCGCGCTAGCGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTACCGCCATAGcc < 1:263133/147‑1 (MQ=255) ccTGCGCTCAGACTTCCCCCTTTCCCGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCCCTTTCCTGACCACCCCCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATcc < 2:65470/150‑1 (MQ=255) gcgcTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAgcg > 2:132156/1‑151 (MQ=255) cgcTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAgcg > 2:450703/1‑150 (MQ=255) cgcTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAgcg > 1:10443/1‑150 (MQ=255) gACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTg > 2:331363/1‑151 (MQ=255) cgcgttccccTTCCCGCTTATACCCCTTTTCCTGACAATCCCCCCTCAATCGAATTCGGGAGGCG‑TTTT‑GTTGCCGCTTTCCTCCCGGGCGAGCGGCAGAACCCGCGAGGCGGTTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAgg < 1:387108/142‑1 (MQ=255) ccccccatcTTCCCGCTGATTTCCACTTTCCTGCCCATCCCCCCTTCAGCGTATCCGGGGGGCT‑TTGT‑GTTCCCGCTTTACTGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGCGGGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGt < 1:591503/143‑1 (MQ=255) cggCTTCCCGCTTATCTCCCCTTCCCTGCCCACCCCCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCT‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGCCGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTCCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAg < 1:4042/149‑1 (MQ=255) tcTTTCCGCTGTTTCCCACTTCCCTGCCCACCCCCCTTGCATCTTATCCCGGGGGCT‑TGGT‑TTTCCCTCTGTCCGGCCGCGCGGCCGGGTGATCCCGCGAGCCGGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGAc < 1:744710/150‑1 (MQ=255) ctttcccgcgaatatCCACTTCCCTACCCATC‑CCCCCTCAATGTTATCCGGGGGGC‑TTGTGGTTGCCGCTCAACCGCCGCGCGGAGGGGTGATCCCGCGCGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGAc < 1:464436/140‑1 (MQ=255) ctgtccctctaatttCCCCTTTCCTGACCCCCCCCCCTCACGCGTTTTCGGGGGGCG‑TGGT‑GTTGCGGCTGTACTCCGGCGCTAAGGCCGGTGCCCGCGAGCCGGTTGCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGAc < 1:679554/137‑1 (MQ=255) 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cTTTCCGTGGATATCCACTTCCCTGACCACCCCCCCTTCATGGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACGGCCGCGCTGACGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGAc < 2:630229/150‑1 (MQ=255) taggtcccACTTTCCGGACCACCCCCCTTTCACCGTCGCCGGGGGGCG‑TTGT‑TTTGCCGGTGTCTTGCGGCCCGGGCGGTTGATCCCGCGCCCCCGTTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGcc < 1:780756/144‑1 (MQ=255) gATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAg > 2:335336/1‑151 (MQ=255) cctcTTTCCTACCCACCCCCCCTTCATCGTATCCGGGGGGCT‑TTGT‑GTTGCCGCTGTCCTGCCGCGCTGACGGTTGATCCCGCGAGCCCGTTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTc < 1:591368/148‑1 (MQ=255) ccTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGgcg > 1:262912/1‑151 (MQ=255) ccccTTCATCGTTTCCGGGGGGCG‑TTGT‑GTGGCCGCTGTCCTGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGCGGGCCCGGTCCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTc < 2:116956/151‑1 (MQ=255) ccccTTCATCGTTCCCGGGGGGCG‑TGGT‑GTCCCCGGTGTACTGCGGCGCTGGGGGCGGATCCCGCGAGCCCGTTGCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGGCCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTc < 1:195750/151‑1 (MQ=255) ccccTCCATCGTATCCGGGGGGGT‑TTGT‑GTGGCCGCTGTACGGCCGGGCGGACGGCGGATCCCGCGAGCCGGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTc < 2:783227/151‑1 (MQ=255) tCACCGTATCCGGGGGGCT‑TTGT‑TTGGCCGCTGTCCTGCCGGGCGGCGGGCTGATCCCGGGACCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGc < 2:111351/151‑1 (MQ=255) ccttcttatccgggggggG‑TTGT‑GTGGCGGTTGGCCTCCCGGGCTGACGGCGAACACGGCGCCCCGGGACCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGc < 1:107024/139‑1 (MQ=255) ccagcttttcccGGGGGCG‑TTTT‑TTTGCCGCTGTACTGCCGGGGTGAGGGCTGATCCCGGGAGCCGGGACCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGc < 2:753150/141‑1 (MQ=255) tatccggggggCG‑TTGT‑TTTGCCGCTGTCCTGCCGCGCTGAGGGCTGATACCGCGAGCCCGGTCCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTg < 2:328136/145‑1 (MQ=255) tatCCGGGGGGGTTTGT‑GTTCCCCCTGTCCTCCCGCGCGGGCGGCTGATCCCGCGCGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTg < 1:331807/149‑1 (MQ=255) gggggCG‑TTGT‑GTGCCCCCTGTACGCCCGCGCTGCCGGCTGACCCCGCGAGCCAGGTGCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAAc < 1:16933/150‑1 (MQ=255) gggCG‑TTGT‑TTTGCCGCTGTACTGCCGCGCGGACGGCTGATCCCGGGAGCCGGTTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCa < 2:102326/150‑1 (MQ=255) ggCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGTGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCAtt > 1:84387/1‑151 (MQ=255) g‑TTGG‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGCAGGCGCGCCGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCAtttt > 1:759186/1‑150 (MQ=255) tgt‑gTTCCCCCTTTCCGGCCGCGCTGAGGGCGGATCCCGGGGCCCCGGTCCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTccc < 1:314007/151‑1 (MQ=255) gt‑gtTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGc > 2:63328/1‑137 (MQ=255) tttttcccGCTGTCCCGCCGCGCTGCCGGCTGATCCCGCGACCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGc < 1:63321/131‑1 (MQ=255) ccGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTgcagca > 1:23005/1‑151 (MQ=255) gTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTc > 2:85810/1‑150 (MQ=255) gcTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAgg > 2:122805/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGCTGATCCCGCGACCCGGGTTCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGc < 2:625868/150‑1 (MQ=255) ggCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGt > 2:456270/1‑151 (MQ=255) | GTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTTCCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCG‑TTGT‑GTTGCCGCTGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGT > NC_000913/280945‑281232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |