| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→6 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein, putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,558 | 0 | G | . | 100.0% | 210.5 / NA | 50 | intergenic (+477/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein, putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (20/30); total (20/30) | |||||||||||
TGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGA > NC_000913/321423‑321687 | tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTgggg > 1:4670/1‑139 (MQ=255) aaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATc < 2:639879/139‑1 (MQ=255) tATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATggg < 2:497083/139‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa < 1:75254/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACAt > 1:82698/1‑70 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTgg > 2:753454/1‑139 (MQ=255) gTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAc < 2:565986/139‑1 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg < 1:101128/139‑1 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGccc > 1:696706/1‑139 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGccc > 2:658928/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATg < 2:594554/62‑1 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATg > 1:594554/1‑62 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCAc < 1:658928/139‑1 (MQ=255) aCGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAATTCTTTGTCAc < 1:277031/104‑1 (MQ=255) aCGCCATATTTATTAATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAGTGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc > 2:277031/1‑104 (MQ=255) ccATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑‑GGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgaga < 1:42421/139‑1 (MQ=255) cATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgaga < 1:437286/139‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |