| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,447,869 | Δ1 bp | coding (3758/3780 nt) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,447,867 | 0 | T | . | 100.0% | 244.0 / NA | 58 | coding (3756/3780 nt) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (31/27); total (31/27) | |||||||||||
GCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTA > NC_000913/4447731‑4448000 | gCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGAttg > 2:598051/1‑138 (MQ=255)gCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGAttg < 2:167299/139‑2 (MQ=255)gCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGAttg > 1:777661/1‑138 (MQ=255) cGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCGATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGAttgc > 1:519351/1‑137 (MQ=255) aTGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTAt > 1:797880/1‑139 (MQ=255) ccAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTGTATCAGTTCGa > 2:522650/1‑139 (MQ=255) ccAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGtt > 2:639352/1‑136 (MQ=255) ccAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGtt < 1:639352/136‑1 (MQ=255) ggTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGtt > 1:292970/1‑139 (MQ=255) tCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGtttt > 2:285787/1‑139 (MQ=255) aCTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATAGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACGAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTGCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTATCTACGGCAGTTTAc > 2:535299/1‑139 (MQ=255) tataGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCca > 1:27411/1‑139 (MQ=255) tataGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCca > 2:308918/1‑139 (MQ=255) tataGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCca > 1:412833/1‑139 (MQ=255) tataGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCATGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCca > 1:214976/1‑139 (MQ=255) taGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCcaca > 2:425397/1‑139 (MQ=255) taGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCcaca > 2:700976/1‑139 (MQ=255) gCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCacaaa < 2:490612/139‑1 (MQ=255) aaCACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCacaaaca < 1:700976/139‑1 (MQ=255) aaCACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCacaaaca < 1:434344/139‑1 (MQ=255) cacTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAg > 2:351087/1‑139 (MQ=255) cTCGCGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGACATATCTGGCAGCCGTGTCTG‑‑GAGTAGGCCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAAGAATGCGAATATTTCTCTACGGACCTTTACGCCACAAACAAgtc > 1:238079/1‑137 (MQ=255) cTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGc > 2:410411/1‑139 (MQ=255) cTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGc > 1:590370/1‑139 (MQ=255) cACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa < 2:461084/139‑1 (MQ=255) acgttacgttATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGAt > 2:276688/1‑69 (MQ=255) acgttacgttATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGAt < 1:276688/69‑1 (MQ=255) acgttacgttATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAAc > 2:539962/1‑139 (MQ=255) ttacgttaTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGt < 2:27411/139‑1 (MQ=255) cgttaTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCAc > 1:635629/1‑139 (MQ=255) tCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGAt < 1:593026/139‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGAt < 1:354855/139‑1 (MQ=255) tGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGAc < 1:70688/139‑1 (MQ=255) ccTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGcc < 1:522650/139‑1 (MQ=255) tCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGACACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTggg > 2:327489/1‑139 (MQ=255) tGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCg < 2:241720/139‑1 (MQ=255) ggAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGa > 1:679999/1‑139 (MQ=255) aaGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGAtt > 2:89056/1‑139 (MQ=255) ccGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCa > 2:542513/1‑139 (MQ=255) ccGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCa > 2:704936/1‑139 (MQ=255) ccGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCa > 1:439789/1‑139 (MQ=255) ccGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACCGCAGTCTACGCCACAAACATGGCAACAGTCACTGTATGACCAATGCCCAGTTACTCGGCGATTGCa > 1:50075/1‑139 (MQ=255) cGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAg < 2:797880/139‑1 (MQ=255) cTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGtt > 1:423127/1‑36 (MQ=255) cTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGtt < 2:423127/36‑1 (MQ=255) tG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGa < 1:410411/139‑1 (MQ=255) g‑‑gTGTAGACCATGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGAt < 2:519351/139‑1 (MQ=255) gACCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAc < 2:256637/139‑1 (MQ=255) aCCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGAc < 2:715696/98‑1 (MQ=255) aCCAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGAc > 1:715696/1‑98 (MQ=255) ccAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACGAGGCAACAGGCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:79288/139‑1 (MQ=255) ccAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 2:50075/139‑1 (MQ=255) ccAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:285787/139‑1 (MQ=255) ccAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:542513/139‑1 (MQ=255) cAGGCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAg < 2:429972/139‑1 (MQ=255) ggCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAAt > 2:235430/1‑37 (MQ=255) ggCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAAt < 1:235430/37‑1 (MQ=255) ggCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa > 2:199/1‑136 (MQ=255) ggCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:199/136‑1 (MQ=255) gCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa < 2:89436/78‑1 (MQ=255) gCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa < 1:412077/78‑1 (MQ=255) gCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa > 1:89436/1‑78 (MQ=255) gCACTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa > 2:412077/1‑78 (MQ=255) aCTGGA‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATTACTACCAGTTGta < 1:539962/139‑1 (MQ=255) | GCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTG‑‑GTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTA > NC_000913/4447731‑4448000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |