| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,984 | (G)7→9 | coding (1041/1245 nt) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 96.9% | 109.7 / ‑3.6 | 32 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (14/17); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 2 | . | G | 90.6% | 101.6 / 3.4 | 32 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base G (14/15); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
GGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑C‑‑‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAA > NC_000913/3240843‑3241106 || ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑C‑‑‑gggg > 2:601108/1‑139 (MQ=255) gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACCCTCGCCGCGGTTTATACGCTGGGTATTTCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCCGTTTGGCGTGGTGGGTTCTCTGTGTGCCTTTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑C‑‑‑ggggg > 1:300963/1‑139 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑C‑‑‑gggggg‑gg < 2:410793/139‑2 (MQ=255) gcgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑C‑‑‑gggggg‑ggg > 1:592209/1‑137 (MQ=255) cACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CG‑‑GGGGGG‑GTCTctgctgct < 2:430266/139‑1 (MQ=255) tATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGa < 2:384515/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:703825/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:396064/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:319809/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:9305/139‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTctgct < 2:433947/126‑1 (MQ=255) tgtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTctgct > 1:433947/1‑126 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CG‑‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:738286/139‑1 (MQ=255) gtTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCAGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTgg < 2:300963/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGTGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 2:520381/1‑139 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:601423/1‑139 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:527011/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:601423/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 2:654317/1‑139 (MQ=255) tGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc > 2:334648/1‑139 (MQ=255) gACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGTGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCt > 1:742890/1‑139 (MQ=255) aaTACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGGGGGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTa > 1:801924/1‑139 (MQ=255) tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAAc > 1:106099/1‑139 (MQ=255) aTTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGatat > 2:681274/1‑139 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCg > 2:201581/1‑139 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCg < 1:611000/110‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCg > 2:611000/1‑110 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGt < 2:659783/139‑1 (MQ=255) tgctgTTTAGCGTGGTGGCTTCTCCGGGTGCCTGTGGCCCATCCGGCTTTGGTG‑‑‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGc < 1:591447/139‑1 (MQ=255) gctgTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCt < 2:580932/139‑1 (MQ=255) ggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg < 1:207585/139‑1 (MQ=255) tggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:148255/69‑1 (MQ=255) tggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:148255/1‑69 (MQ=255) tgGCGCATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGaaa > 1:690529/1‑139 (MQ=255) cATCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACtgcg < 2:472476/139‑1 (MQ=255) tCCGGC‑GTGG‑CGG‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCt > 2:476269/1‑139 (MQ=255) cGGT‑GTGG‑C‑‑‑GGGGGGTCTCTTTGCTGCTCAGCCCACTCGCCTGTAATATTTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTGATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGaa < 1:449466/139‑1 (MQ=255) || GGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGC‑GTGG‑C‑‑‑GGGGGG‑GTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAA > NC_000913/3240843‑3241106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |