| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,158,776 | Δ1 bp | coding (287/918 nt) | oxyR → | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,158,775 | 0 | G | . | 98.6% | 287.4 / ‑2.4 | 71 | coding (286/918 nt) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base . (31/39); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 | |||||||||||
GGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCG > NC_000913/4158638‑4158904 | ggACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTgt > 1:1022529/1‑138 (MQ=255) cGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTcc < 2:706216/139‑1 (MQ=255) cGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTcc < 2:696752/139‑1 (MQ=255) gtgtTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGt < 1:1737309/139‑1 (MQ=255) ttgttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACAATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTgg > 1:268329/1‑139 (MQ=255) tgttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCC‑CAGTTGGAc > 2:1423413/1‑139 (MQ=255) ccAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTAcc > 2:1371294/1‑139 (MQ=255) gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 2:337855/139‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatat > 1:1031883/1‑139 (MQ=255) ctgctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatat < 2:1305020/139‑1 (MQ=255) tgctgGTGGATCAGGTGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGa < 2:661113/104‑1 (MQ=255) tgctgGTGGATCAGGTGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGa > 1:661113/1‑104 (MQ=255) tgctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtatt > 2:1821527/1‑139 (MQ=255) tggtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCC‑CAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:1423413/139‑1 (MQ=255) ggtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 2:1031883/139‑1 (MQ=255) ggtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:219926/139‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTg > 2:1385964/1‑119 (MQ=255) gATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTg < 1:1385964/119‑1 (MQ=255) aTCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtg < 1:1821527/139‑1 (MQ=255) aGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc > 2:344907/1‑131 (MQ=255) aGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:344907/131‑1 (MQ=255) gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACAATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCa < 2:268329/139‑1 (MQ=255) cgcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGtt < 2:1218646/100‑1 (MQ=255) cgcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGtt > 1:1218646/1‑100 (MQ=255) cgcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc < 2:1524503/139‑1 (MQ=255) cgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCa < 1:959531/139‑1 (MQ=255) ctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGt < 1:267686/88‑1 (MQ=255) ctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGt > 2:267686/1‑88 (MQ=255) cGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 2:1153378/104‑1 (MQ=255) cGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg > 1:1153378/1‑104 (MQ=255) tGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGc > 2:514359/1‑139 (MQ=255) tGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGc > 1:118453/1‑139 (MQ=255) gAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 1:514359/139‑1 (MQ=255) ggTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 1:1126265/99‑1 (MQ=255) ggTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg > 2:1126265/1‑99 (MQ=255) tGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa < 2:118453/139‑1 (MQ=255) aaaGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTgttt > 1:690097/1‑61 (MQ=255) aaaGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTgttt < 2:690097/64‑4 (MQ=255) aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCa < 1:1371294/139‑1 (MQ=255) aTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTgtttg < 1:882181/50‑5 (MQ=255) aTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGtttg > 2:882181/1‑49 (MQ=255) aTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAg > 1:1921459/1‑138 (MQ=255) aTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAg < 2:1921459/138‑1 (MQ=255) aTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGc > 2:1953268/1‑139 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTcc < 2:1035609/54‑1 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTcc > 1:1035609/1‑54 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc < 2:1525845/100‑1 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc > 1:1525845/1‑100 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc > 2:366808/1‑105 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc < 1:366808/105‑1 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa > 1:735066/1‑121 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa < 2:735066/121‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatat > 1:1735593/1‑81 (MQ=255) cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatat < 2:1735593/81‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAg < 2:1022529/139‑1 (MQ=255) gcagGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccacc > 2:1455433/1‑139 (MQ=255) agGGCGAGACGGTGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 1:346011/67‑1 (MQ=255) agGGCGAGACGGTGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCg > 2:346011/1‑67 (MQ=255) gggCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTAcc < 2:1841077/65‑1 (MQ=255) gggCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTAcc > 1:1841077/1‑65 (MQ=255) cGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatat < 2:592506/68‑1 (MQ=255) cGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatat > 1:592506/1‑68 (MQ=255) gaCGATGTTCGGACCGCTGCACATT‑CTTTGATTCCCACAGTTGGACATTACCTGCAAATGTATATTACCCCAAAGCGGCACCCGCCTTTTCAAAAGCTCGAATTGAAAATGCCAGAAGCACCGACCAACCAGTCACTgg < 1:1455433/139‑1 (MQ=255) cGATGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgcg < 1:1364024/139‑1 (MQ=255) tGTCCGGACCGCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCaa > 2:580473/1‑139 (MQ=255) gCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTAc > 1:1141245/1‑43 (MQ=255) gCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTAc < 2:1141245/43‑1 (MQ=255) gCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCg < 2:31021/139‑1 (MQ=255) gCTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCg > 1:31021/1‑139 (MQ=255) cTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTg < 2:1620958/38‑1 (MQ=255) cTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTg > 1:1620958/1‑38 (MQ=255) cTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGc < 2:1769621/39‑1 (MQ=255) cTGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGc > 1:1769621/1‑39 (MQ=255) tGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATc > 2:556735/1‑92 (MQ=255) tGCACATT‑GTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATc < 1:556735/92‑1 (MQ=255) | GGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCG > NC_000913/4158638‑4158904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |