| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,620,434 | (T)6→7 | coding (439/627 nt) | upp ← | uracil phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,620,428 | 1 | . | T | 97.5% | 124.0 / ‑3.6 | 40 | coding (445/627 nt) | upp | uracil phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (18/21); total (18/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
GAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑TTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTCCAGCGTTTCTTCA > NC_000913/2620290‑2620561 | gAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGc < 2:167773/139‑1 (MQ=255) ccGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc > 2:964279/1‑134 (MQ=255) ccGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc < 1:629413/139‑6 (MQ=255) ccGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc > 1:1392066/1‑134 (MQ=255) tCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCg < 2:1225187/139‑1 (MQ=255) cAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGt < 1:710094/139‑1 (MQ=255) tCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTcgc > 2:1149628/1‑139 (MQ=255) tCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTcgc < 1:774159/139‑1 (MQ=255) cccTGATCAATCGATGTGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑TTTTTCTCAGCAGGTCGATGGTagcg < 1:1149628/139‑1 (MQ=255) tGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc > 2:1184026/1‑116 (MQ=255) tGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc < 1:1184026/121‑6 (MQ=255) aTCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAAc > 2:186695/1‑139 (MQ=255) tCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACg < 2:1392066/139‑1 (MQ=255) aTCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGc > 2:1219821/1‑104 (MQ=255) aTCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGc < 1:1219821/104‑1 (MQ=255) tCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAac > 2:872051/1‑139 (MQ=255) gCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCg < 2:349298/139‑1 (MQ=255) gCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCg < 1:964279/139‑1 (MQ=255) gTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑tt > 1:373762/1‑101 (MQ=255) gTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑tt < 2:373762/102‑2 (MQ=255) ttCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCAt > 1:989676/1‑139 (MQ=255) tCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt > 1:387387/1‑114 (MQ=255) tCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt < 2:387387/114‑1 (MQ=255) gACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTgg > 2:1401330/1‑139 (MQ=255) cgcTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAg > 2:1519521/1‑139 (MQ=255) cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATg < 2:1144125/75‑1 (MQ=255) cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATg > 1:1144125/1‑75 (MQ=255) cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGa > 2:612108/1‑139 (MQ=255) cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGa > 1:1506284/1‑139 (MQ=255) aCCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGtt < 2:1551878/139‑1 (MQ=255) ccTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTa > 2:475774/1‑139 (MQ=255) tCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGcc < 1:1256922/118‑1 (MQ=255) tCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGcc > 2:1256922/1‑118 (MQ=255) tGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAAc < 2:1506284/139‑1 (MQ=255) gcgcAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCa < 1:186695/139‑1 (MQ=255) aCCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTgg < 1:1401330/139‑1 (MQ=255) aCCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTgg < 1:872051/139‑1 (MQ=255) gAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCgg > 1:1350076/1‑67 (MQ=255) gAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCgg < 2:1350076/67‑1 (MQ=255) tGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTAcc < 1:669698/135‑1 (MQ=255) tGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTAcc > 2:669698/1‑135 (MQ=255) aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCGTACGCTCAt > 1:539262/1‑98 (MQ=255) aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCGTACGCTCAt < 2:539262/98‑1 (MQ=255) aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTc > 1:1068669/1‑138 (MQ=255) aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTc < 2:1068669/138‑1 (MQ=255) ctgcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCt < 1:92240/113‑1 (MQ=255) ctgcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCt > 2:92240/1‑113 (MQ=255) gcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt > 2:1581680/1‑37 (MQ=255) gcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt < 1:1581680/37‑1 (MQ=255) cccGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTCCAGCGTTTCTTCa < 1:612108/139‑1 (MQ=255) | GAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑TTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTCCAGCGTTTCTTCA > NC_000913/2620290‑2620561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |