| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,139,406 | Δ1 bp | coding (1029/1644 nt) | flgK → | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,139,406 | 0 | T | . | 100.0% | 232.5 / NA | 57 | coding (1029/1644 nt) | flgK | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (26/31); total (26/31) | |||||||||||
GACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NC_000913/1139273‑1139538 | gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGtt > 2:1105355/1‑139 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt < 2:95515/139‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGAt < 2:1409829/139‑1 (MQ=255) cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGt > 1:1251708/1‑139 (MQ=255) gcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGTGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTg > 2:1450038/1‑139 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc < 1:348900/139‑1 (MQ=255) gAGGGTTGCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTAGCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGa < 2:1215731/139‑1 (MQ=255) gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc > 2:1466205/1‑139 (MQ=255) tttCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCt < 1:275190/139‑1 (MQ=255) ccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTAc > 1:1177440/1‑139 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:863721/1‑139 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgg > 2:867094/1‑139 (MQ=255) caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:1105355/139‑1 (MQ=255) caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:1052372/139‑1 (MQ=255) aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa < 1:539189/139‑1 (MQ=255) aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa < 1:250161/139‑1 (MQ=255) gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 2:1292694/139‑1 (MQ=255) gATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAt > 1:130392/1‑139 (MQ=255) tGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtct < 2:819930/139‑1 (MQ=255) gCTAACGGCGATGCCGGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtct > 2:1149254/1‑139 (MQ=255) cTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCg < 1:54561/139‑1 (MQ=255) tAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 2:524054/121‑1 (MQ=255) tAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa > 1:524054/1‑121 (MQ=255) aCGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTc > 2:814300/1‑139 (MQ=255) cGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCg < 2:271965/139‑1 (MQ=255) gATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 1:1599447/139‑1 (MQ=255) tGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc > 1:707206/1‑80 (MQ=255) tGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc < 2:707206/80‑1 (MQ=255) tGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 2:357949/116‑1 (MQ=255) tGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa > 1:357949/1‑116 (MQ=255) cc‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 2:1156498/139‑1 (MQ=255) gATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCa < 1:867094/139‑1 (MQ=255) gATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCa < 1:1466205/139‑1 (MQ=255) tCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTc < 2:1177440/139‑1 (MQ=255) tCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTc > 2:14631/1‑139 (MQ=255) tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa > 1:114657/1‑95 (MQ=255) tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 2:114657/95‑1 (MQ=255) tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGcc < 1:565845/139‑1 (MQ=255) tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGcc < 2:653274/139‑1 (MQ=255) gTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGcc > 2:1298951/1‑139 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGCAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACaaaa < 2:1358297/94‑1 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc > 2:1335458/1‑50 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGc < 1:1335458/50‑1 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACaaaa > 1:1358297/1‑94 (MQ=255) cgcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATa > 2:912872/1‑139 (MQ=255) cgcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATa > 2:17103/1‑139 (MQ=255) cgcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATa > 1:383312/1‑139 (MQ=255) cgcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATa > 2:579368/1‑139 (MQ=255) cgcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATAAGTGGCAGGTCACCAGCCTTGCCAGAAATa > 1:413535/1‑139 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 2:130392/139‑1 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt < 1:13016/58‑1 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 2:13016/1‑58 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:1040992/60‑1 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc > 1:1040992/1‑60 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGc < 2:1066832/116‑1 (MQ=255) cacGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGc > 1:1066832/1‑116 (MQ=255) aCAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAt < 2:764904/139‑1 (MQ=255) | GACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCC‑GGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NC_000913/1139273‑1139538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |