| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,268,487 | (T)7→8 | intergenic (+180/+322) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 92.6% | 78.1 / ‑0.1 | 27 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (9/16); total (11/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAT > NC_000913/4268353‑4268596 | cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑tttt‑tt‑ttggg < 2:333126/139‑5 (MQ=255) tcgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTgg > 2:438956/1‑139 (MQ=255) tcgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTCTT‑TGGGttg > 2:455385/1‑137 (MQ=255) cTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATTGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGtaat < 1:422565/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:89103/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:744012/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTCAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:471828/139‑1 (MQ=255) tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 2:9553/139‑1 (MQ=255) aGATGATTTTTTTGTTGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 2:649233/139‑1 (MQ=255) aGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 1:411172/139‑1 (MQ=255) ttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TTGTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTaa > 2:486552/1‑139 (MQ=255) aTCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat < 2:340281/139‑1 (MQ=255) ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 1:546740/100‑1 (MQ=255) ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt > 2:546740/1‑100 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa < 1:486552/139‑1 (MQ=255) gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt > 1:678162/1‑116 (MQ=255) gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt < 2:678162/116‑1 (MQ=255) tCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtata < 2:38089/139‑1 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGc > 1:728330/1‑64 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGc < 2:728330/64‑1 (MQ=255) ttATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt < 1:643356/139‑1 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAata > 2:123607/1‑111 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAata < 1:123607/111‑1 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGc > 1:161346/1‑139 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAtt > 2:452359/1‑72 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAtt < 1:452359/72‑1 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAt > 2:143463/1‑139 (MQ=255) ttATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAt > 1:126409/1‑139 (MQ=255) | CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TT‑TGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAT > NC_000913/4268353‑4268596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |