| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 281,662 | Δ1 bp | coding (322/1155 nt) | yagA ← | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 281,660 | 0 | G | . | 100.0% | 75.7 / NA | 19 | coding (324/1155 nt) | yagA | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (8/11); total (8/11) | |||||||||||
AAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATG > NC_000913/281525‑281792 | aaaGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCggca < 2:457355/139‑3 (MQ=255)aaaGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCggca < 1:734752/139‑3 (MQ=255) tCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTc > 2:213280/1‑139 (MQ=255) aTCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTc > 2:138426/1‑139 (MQ=255) cgcgTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGc < 1:551669/139‑1 (MQ=255) tCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCa < 1:345318/139‑1 (MQ=255) gCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCa > 2:254879/1‑139 (MQ=255) ccgtggAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATa < 2:515783/134‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATa < 2:26247/139‑1 (MQ=255) ccGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCAt < 2:95244/119‑1 (MQ=255) ccGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCAt > 1:95244/1‑119 (MQ=255) gcagcaGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTg < 1:138426/139‑1 (MQ=255) gcagcaGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTg < 1:751672/139‑1 (MQ=255) gggCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAg < 1:254879/139‑1 (MQ=255) ccATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCgg > 1:325530/1‑139 (MQ=255) ttATGGACGGTGCTGAGGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGa < 2:544122/139‑1 (MQ=255) ttATGGACGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGa < 2:565831/139‑1 (MQ=255) ttATGGACGGGGCGGAGGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGa < 2:928381/139‑1 (MQ=255) aCGGTGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTg > 2:966483/1‑139 (MQ=255) tGCTGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGa > 1:23629/1‑139 (MQ=255) tGAAGGC‑GGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATg > 1:48156/1‑139 (MQ=255) | AAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATG > NC_000913/281525‑281792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |