| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 99.0% | 381.8 / ‑3.6 | 104 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (53/50); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑G‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489 | tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:710312/139‑1 (MQ=255)tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:338195/139‑1 (MQ=255) tATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑gg < 1:37199/139‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g‑ggg > 2:309223/1‑139 (MQ=255) 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tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa < 2:243674/139‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGT‑AGTAATGGGaaa > 2:699868/1‑139 (MQ=255) ccccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTg < 2:246672/139‑1 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt > 2:354480/1‑139 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 1:616386/139‑1 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt > 1:68081/1‑139 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 2:68081/139‑1 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:28264/139‑1 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:400782/139‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:771713/1‑66 (MQ=255) aTTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:771713/66‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGtt > 1:494822/1‑42 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 1:693934/139‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 1:18736/1‑139 (MQ=255) aaaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 2:505181/139‑1 (MQ=255) aaTCGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGtcgtcg > 1:421403/1‑139 (MQ=255) cGCCGTCACCAGCGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 1:606244/139‑1 (MQ=255) cGGCATGG‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa < 1:504631/139‑1 (MQ=255) | TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑G‑GGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |