| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 183,607 | Δ1 bp | coding (1145/1158 nt) | cdaR → | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator, autoregulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 183,607 | 0 | A | . | 98.2% | 222.7 / ‑3.1 | 54 | coding (1145/1158 nt) | cdaR | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator, autoregulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (31/22); minor base C (1/0); total (32/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG > NC_000913/183477‑183737 | gCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCg < 2:96325/139‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGt < 2:167078/139‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGt > 1:993703/1‑139 (MQ=255) cGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACT‑GCTGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAggcgg > 2:635862/1‑139 (MQ=255) 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ggCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAg > 1:459727/1‑139 (MQ=255) cGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCggg < 2:467678/112‑1 (MQ=255) cGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCggg > 1:467678/1‑112 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGaa > 2:746095/1‑92 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGaa < 1:746095/92‑1 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:635420/1‑139 (MQ=255) | GCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG > NC_000913/183477‑183737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |