| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,214,339 | (C)6→5 | coding (306/1686 nt) | yehU ← | inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,214,334 | 0 | C | . | 100.0% | 198.4 / NA | 47 | coding (311/1686 nt) | yehU | inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (25/22); total (25/22) | |||||||||||
GCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NC_000913/2214196‑2214468 | gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGc < 1:1097597/139‑1 (MQ=255) aCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcccccatc < 2:387840/139‑4 (MQ=255) cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAatat < 1:843532/139‑1 (MQ=255) tGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGccgccg < 1:621701/139‑1 (MQ=255) cTTTATCAGTGCGTCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc < 1:641043/101‑1 (MQ=255) cTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGGTGCTGTGTACCAGGCTACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc > 2:641043/1‑101 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:288538/1‑139 (MQ=255) gcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggac > 2:143991/1‑139 (MQ=255) gATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAgc < 1:295173/94‑1 (MQ=255) gATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAgc > 2:295173/1‑94 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 2:564684/127‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga > 1:564684/1‑127 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:288538/139‑1 (MQ=255) tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATACTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 2:1067062/1‑139 (MQ=255) aGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAc < 1:143991/139‑1 (MQ=255) aGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAc > 2:1087730/1‑139 (MQ=255) ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:43471/1‑139 (MQ=255) ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:650283/1‑139 (MQ=255) ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:388943/1‑139 (MQ=255) gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 2:946815/1‑139 (MQ=255) cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:821063/1‑139 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc < 2:133999/54‑1 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc > 1:133999/1‑54 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga > 1:1053925/1‑110 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 2:1053925/110‑1 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:604062/1‑139 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 1:43471/139‑1 (MQ=255) cGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTa < 2:307997/71‑1 (MQ=255) cGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTa > 1:307997/1‑71 (MQ=255) tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg < 1:1067062/139‑1 (MQ=255) aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 2:669428/121‑1 (MQ=255) aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:669428/1‑121 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAGCTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:455739/139‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:243452/139‑1 (MQ=255) tCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGt < 1:891981/139‑1 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCGACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 1:787406/1‑139 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCgg > 1:275197/1‑62 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCgg < 2:275197/62‑1 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa < 1:946815/139‑1 (MQ=255) tCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATa > 1:298395/1‑139 (MQ=255) agaTCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGaa < 2:604062/139‑1 (MQ=255) gaTCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAt < 1:821063/139‑1 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc > 2:186072/1‑60 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:186072/60‑1 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 2:337482/1‑139 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 1:410322/1‑139 (MQ=255) gCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:931226/117‑1 (MQ=255) gCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa > 1:931226/1‑117 (MQ=255) cTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 1:337482/139‑1 (MQ=255) cTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 2:733299/139‑1 (MQ=255) aaCGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCaa > 1:625512/1‑139 (MQ=255) aaCGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCaa > 1:803147/1‑139 (MQ=255) tCATG‑CCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 1:161912/1‑139 (MQ=255) | GCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATC‑‑‑GATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NC_000913/2214196‑2214468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |