| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 94.6% | 125.5 / 0.1 | 37 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (18/17); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
TAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664232‑3664479 | tAAGGGGTTCAGCTCTTGCGTATGAGGAAATATCGATAAGAAGGGAAGGAAGAGCATATTGCTTATTATGGGGGAAGTTGTGCTGATTGGAGTGAAGCTATCAAAAATAGAATTCACCAACGGACGG‑GGGGGGGGACTg > 2:838207/1‑139 (MQ=255) cAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGttaattaa > 1:896478/1‑139 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:184736/139‑1 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:896478/139‑1 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:740540/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:138035/129‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:138035/1‑129 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:434758/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:464838/139‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:464838/1‑139 (MQ=255) agaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCt < 1:861890/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:434758/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:579047/1‑139 (MQ=255) aCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa > 2:1053419/1‑139 (MQ=255) aGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa > 2:163266/1‑127 (MQ=255) aGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa < 1:163266/127‑1 (MQ=255) gAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt < 1:579047/139‑1 (MQ=255) agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGttaa < 2:853904/92‑1 (MQ=255) agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGttaa > 1:853904/1‑92 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACg > 1:358306/1‑139 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 2:780792/1‑139 (MQ=255) tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 1:187830/128‑1 (MQ=255) 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tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCCAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 2:978539/1‑139 (MQ=255) aaaTCGCCGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgtc < 2:951470/139‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGG‑CATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAGTATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 2:718711/1‑139 (MQ=255) | TAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGG‑CAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664232‑3664479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |