| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,426,288 | G→A | intergenic (+206/‑166) | ydaY → / → tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,426,288 | 0 | G | A | 98.5% | 217.9 / ‑3.6 | 68 | intergenic (+206/‑166) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (30/37); minor base T (0/1); total (30/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
GGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATC > NC_000913/1426156‑1426391 | ggTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa < 1:21151/139‑1 (MQ=255) ttgcctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAG‑CACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTa < 1:586581/139‑1 (MQ=255) cctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:925564/139‑1 (MQ=255) cctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGACGACTTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:681249/139‑1 (MQ=255) ctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAATTTGTTAATTACGTaca < 1:179437/139‑1 (MQ=255) tttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACAct < 2:147093/139‑1 (MQ=255) tATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAt > 2:274544/1‑127 (MQ=255) tATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAt < 1:274544/127‑1 (MQ=255) tATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACActct > 1:626415/1‑139 (MQ=255) tGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACAct > 1:510868/1‑131 (MQ=255) 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ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt < 2:159454/88‑1 (MQ=255) ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt < 2:924243/88‑1 (MQ=255) ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt > 1:159454/1‑88 (MQ=255) ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt > 1:924243/1‑88 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa < 2:992358/78‑1 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa > 1:992358/1‑78 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca > 2:589005/1‑88 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca > 2:473912/1‑88 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:589005/88‑1 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:473912/88‑1 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTg < 1:1004063/139‑1 (MQ=255) aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGgaga > 2:728723/1‑139 (MQ=255) aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGgaga > 2:917038/1‑139 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACTAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGATATGTGCTGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGaa < 1:743455/139‑1 (MQ=255) aTGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCa > 1:994267/1‑139 (MQ=255) aGTGATCTTGGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAGAAGCATTGCGTGGCCTCg > 1:748641/1‑139 (MQ=255) tCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATc < 2:626415/139‑1 (MQ=255) tttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATc < 1:768063/137‑1 (MQ=255) tttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATc > 2:768063/1‑137 (MQ=255) ttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:1024383/139‑1 (MQ=255) ttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:728723/139‑1 (MQ=255) gCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCtat < 2:748641/139‑1 (MQ=255) cACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCtata < 2:489449/139‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:1033725/135‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt > 2:1033725/1‑135 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTatat < 2:739796/139‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTatat < 2:994267/139‑1 (MQ=255) cTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATc < 1:717163/139‑1 (MQ=255) tGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATCACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt > 2:139080/1‑133 (MQ=255) tGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATCACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:139080/133‑1 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatg < 1:883214/91‑1 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatg > 2:883214/1‑91 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGc > 2:650338/1‑95 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGc < 1:650338/95‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |