| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+615) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 92.3% | 34.4 / ‑2.6 | 13 | intergenic (‑77/+623) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (7/5); total (8/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
GTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCA > NC_000913/1211981‑1212187 | gtgtCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 2:716655/139‑1 (MQ=255) ttCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAttt > 1:705728/1‑139 (MQ=255) cATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaa < 2:753908/139‑1 (MQ=255) aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaaa > 2:623538/1‑139 (MQ=255) gTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGaaa > 1:71385/1‑139 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 2:705728/139‑1 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAACCTCAAt < 1:77396/134‑1 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAACCTCAAt > 2:77396/1‑134 (MQ=255) ggTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCCATCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:61712/1‑139 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgaaa > 1:456097/1‑137 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAAAAAAATgaga > 2:375037/1‑139 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGaaa > 2:553325/1‑139 (MQ=255) ttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa < 1:553325/139‑1 (MQ=255) | GTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCA > NC_000913/1211981‑1212187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |