| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,759,680 | (C)5→6 | coding (844/1221 nt) | sufS ← | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 97.8% | 159.3 / ‑3.5 | 46 | coding (849/1221 nt) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (21/24); total (21/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTT > NC_000913/1759549‑1759808 | gagagTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTAtt < 2:380329/139‑1 (MQ=255) aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:802386/1‑118 (MQ=255) aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:802386/118‑1 (MQ=255) aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTa > 2:742705/1‑137 (MQ=255) aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTa < 1:742705/137‑1 (MQ=255) ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc < 2:543932/121‑1 (MQ=255) ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc > 1:543932/1‑121 (MQ=255) aCAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCa < 1:311726/139‑1 (MQ=255) gATTCCTACTGTGATCGCGCATAATGCAACAGGTTCTTTTCAGACTCGGCTATGTTATGAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGGCAAGTCCAATGGTGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACAGGCTTGAAAc < 2:813236/139‑1 (MQ=255) tCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGc > 1:872512/1‑139 (MQ=255) cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 2:919375/1‑107 (MQ=255) cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 1:919375/107‑1 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc > 2:761962/1‑122 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc < 1:761962/122‑1 (MQ=255) cTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATgg < 1:788168/139‑1 (MQ=255) gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:872512/139‑1 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCtt < 2:91514/139‑1 (MQ=255) cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc > 2:525581/1‑111 (MQ=255) cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc < 1:525581/111‑1 (MQ=255) gcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 1:420587/139‑1 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAg > 1:238293/1‑139 (MQ=255) aaTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAgg > 2:853058/1‑139 (MQ=255) cATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 1:520174/1‑86 (MQ=255) cATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 2:520174/86‑1 (MQ=255) tCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 1:530010/1‑122 (MQ=255) tCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc < 2:530010/122‑1 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:263009/79‑1 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:263009/1‑79 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 2:293887/128‑1 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc > 1:293887/1‑128 (MQ=255) cTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGAc > 2:455458/1‑139 (MQ=255) tCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACg < 1:94096/139‑1 (MQ=255) cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:579017/105‑1 (MQ=255) cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:579017/1‑105 (MQ=255) ggCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:586109/127‑1 (MQ=255) ggCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt > 1:586109/1‑127 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccccg > 2:383938/1‑65 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccccg < 1:383938/67‑3 (MQ=255) ttttttattaAGCCCCAGGGCCAGAACATACTCCAACGAGGAGCCAAGTCCAATGAGG‑CCGCCCGCTAATGGGTATACTGGCTTCAAGGCGGCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTTTCACAGGCTGACGGTgtc < 2:844017/135‑3 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:853058/139‑1 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGa > 1:848432/1‑139 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc > 1:348519/1‑61 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc < 2:348519/61‑1 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATa > 2:93872/1‑139 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGa > 2:540877/1‑139 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGaa > 2:362823/1‑137 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGaa < 1:362823/137‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGACGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAgg < 2:544869/116‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGACGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAgg > 1:544869/1‑116 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGCCCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 2:671807/100‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 1:671807/1‑100 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGc > 2:204848/1‑139 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cccc > 2:3058/1‑49 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cccc < 1:3058/50‑2 (MQ=255) ccAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCa < 1:93872/139‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAt < 1:455458/139‑1 (MQ=255) gcgccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGc > 1:872569/1‑139 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGca > 1:176680/1‑139 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGca > 2:872718/1‑139 (MQ=255) ccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaac < 1:872718/139‑1 (MQ=255) ccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaac < 1:204848/139‑1 (MQ=255) cAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaaca < 2:176680/139‑1 (MQ=255) tgatgcCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttctt < 2:757776/139‑1 (MQ=255) | GAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTT > NC_000913/1759549‑1759808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |