| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,759,680 | (C)5→6 | coding (844/1221 nt) | sufS ← | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 98.5% | 225.0 / ‑3.7 | 66 | coding (849/1221 nt) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (33/32); total (34/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
GGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759541‑1759807 | gggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 2:1220226/139‑1 (MQ=255) ggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc > 1:659550/1‑139 (MQ=255) agTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTggg > 2:358877/1‑139 (MQ=255) gaTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACGAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc > 1:960857/1‑139 (MQ=255) ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCgg > 2:1503200/1‑139 (MQ=255) cGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGc > 2:184261/1‑139 (MQ=255) ggTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCt > 2:779880/1‑139 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 2:1445999/1‑139 (MQ=255) aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 2:1222116/1‑139 (MQ=255) tCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCg < 2:1137350/138‑1 (MQ=255) tCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CCACCCGGGATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCg > 1:1137350/1‑138 (MQ=255) cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa < 1:358877/139‑1 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCAt > 1:412981/1‑139 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 1:882720/1‑106 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 2:882720/106‑1 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCtt > 1:251373/1‑139 (MQ=255) cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt > 1:601866/1‑139 (MQ=255) cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt < 2:659550/139‑1 (MQ=255) gcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 1:1445999/139‑1 (MQ=255) cATAATGCATCAGATTTTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTcc < 2:1136115/139‑1 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc > 1:713562/1‑136 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 2:713562/136‑1 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 1:1637332/91‑1 (MQ=255) tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 2:1637332/1‑91 (MQ=255) aTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGt < 2:412981/139‑1 (MQ=255) aTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGt > 2:13078/1‑139 (MQ=255) aTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGt < 1:1222116/139‑1 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa > 2:784558/1‑115 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa < 1:784558/115‑1 (MQ=255) cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcc < 1:184261/139‑1 (MQ=255) cTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 1:1503200/139‑1 (MQ=255) cTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:960857/139‑1 (MQ=255) tGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTc > 1:244933/1‑139 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc < 2:1607051/72‑1 (MQ=255) ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc > 1:1607051/1‑72 (MQ=255) tCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAgg > 2:686897/1‑139 (MQ=255) ggCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGt < 2:244933/139‑1 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 1:1276467/116‑1 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 2:1276467/1‑116 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccccggt < 1:1025471/69‑5 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 1:841595/1‑64 (MQ=255) gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 2:841595/64‑1 (MQ=255) acTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccccggt > 2:1025471/2‑65 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:686897/139‑1 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:926058/139‑1 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATgg < 1:385734/95‑1 (MQ=255) tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATgg > 2:385734/1‑95 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:854435/92‑1 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:854435/1‑92 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc > 2:609271/1‑98 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 1:609271/98‑1 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 1:15006/1‑130 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:15006/130‑1 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGa > 1:1384623/1‑139 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:156966/127‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 2:156966/1‑127 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 2:1177651/1‑139 (MQ=255) cccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt > 2:309540/1‑111 (MQ=255) cccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGGATTGTGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 1:309540/111‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:1435470/1‑84 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:1435470/84‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGc < 2:1517922/136‑1 (MQ=255) gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGc > 1:1517922/1‑136 (MQ=255) 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(MQ=255) atgatgcCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAt < 1:398707/120‑1 (MQ=255) atgatgcCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct < 2:1384623/139‑1 (MQ=255) atgatgcCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct > 2:174823/1‑139 (MQ=255) | GGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759541‑1759807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |