| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,922,931 | (A)7→8 | intergenic (‑491/+126) | atpI ← / ← rsmG | ATP synthase, membrane‑bound accessory factor/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase, SAM‑dependent, glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,922,924 | 1 | . | A | 95.2% | 191.3 / 1.8 | 62 | intergenic (‑484/+133) | atpI/rsmG | ATP synthase, membrane‑bound accessory factor/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase, SAM‑dependent, glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base A (30/29); total (32/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.34e-01 | |||||||||||
TGACATTTACACAACAAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAA > NC_000913/3922801‑3923056 | tGACATTTACACAACAAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGt > 1:1160665/1‑139 (MQ=255) acacAACAAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCttgt < 2:1853890/139‑1 (MQ=255) caaAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGc > 2:1698882/1‑139 (MQ=255) aaaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCa > 2:1859229/1‑137 (MQ=255) aaaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCa < 1:1859229/137‑1 (MQ=255) accCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCa > 2:425147/1‑132 (MQ=255) accCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCa < 1:425147/132‑1 (MQ=255) ccATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCttgt < 1:544755/123‑1 (MQ=255) ccATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCttgt > 2:544755/1‑123 (MQ=255) ccATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGa > 2:1383213/1‑139 (MQ=255) tGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGt < 1:1783876/139‑1 (MQ=255) ttttAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACg > 1:1263274/1‑104 (MQ=255) ttttAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACg < 2:1263274/104‑1 (MQ=255) tGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAAc < 1:304782/139‑1 (MQ=255) ttttAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCa < 1:497539/139‑1 (MQ=255) ccAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑AAAAAAA‑Gcc < 1:519352/80‑1 (MQ=255) ccAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑AAAAAAA‑Gcc > 2:519352/1‑80 (MQ=255) ccAATGATGGTTATTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTaa > 2:1351884/1‑127 (MQ=255) ccAATGATAGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTaa < 1:1351884/127‑1 (MQ=255) cAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGt > 1:361247/1‑117 (MQ=255) cAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGt < 2:361247/117‑1 (MQ=255) ggTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGaaaa > 2:1779193/1‑139 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACg < 2:606814/74‑1 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACg > 1:606814/1‑74 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCa < 1:311378/120‑1 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCa > 2:311378/1‑120 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAAcc > 2:837886/1‑139 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑aaaaaaaagcc < 2:865340/71‑5 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑aaaaaaaagcc > 1:865340/1‑67 (MQ=255) ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑AAAAAAATGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAAcc > 1:1096848/1‑139 (MQ=255) tCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCt > 1:1120454/1‑139 (MQ=255) cTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGt < 1:877971/96‑1 (MQ=255) cTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGt > 2:877971/1‑96 (MQ=255) ttAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg < 1:1698882/139‑1 (MQ=255) aGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑aaaaaaaagc < 1:1609411/65‑4 (MQ=255) aGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑aaaaaaaagc > 2:1609411/1‑62 (MQ=255) gcCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgtt > 2:444067/1‑139 (MQ=255) ccGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACg > 1:36003/1‑93 (MQ=255) ccGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACg < 2:36003/93‑1 (MQ=255) cGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACg < 1:1672051/64‑1 (MQ=255) cGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACg > 2:1672051/1‑64 (MQ=255) gATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt < 1:444067/139‑1 (MQ=255) aTTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTa < 2:1120454/139‑1 (MQ=255) aTTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑aaaaaaaagc < 1:738100/58‑4 (MQ=255) aTTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑aaaaaaaagc > 2:738100/1‑55 (MQ=255) tttttAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTaa < 2:1160665/139‑1 (MQ=255) aCTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCaa > 2:1410852/1‑68 (MQ=255) aCTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCaa < 1:1410852/68‑1 (MQ=255) aCTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGt < 2:312472/85‑1 (MQ=255) aCTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGt > 1:312472/1‑85 (MQ=255) tGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTaa < 2:934467/92‑1 (MQ=255) tGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTaa > 1:934467/1‑92 (MQ=255) atatTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTc < 1:1779193/139‑1 (MQ=255) tCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCa > 1:82474/1‑57 (MQ=255) tCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCa < 2:82474/57‑1 (MQ=255) tCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg > 2:1417030/1‑109 (MQ=255) tCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg < 1:1417030/109‑1 (MQ=255) tCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt < 1:1560480/117‑1 (MQ=255) tCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt > 2:1560480/1‑117 (MQ=255) aCTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg > 1:478800/1‑107 (MQ=255) aCTAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg < 2:478800/107‑1 (MQ=255) tAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt > 1:88003/1‑113 (MQ=255) tAATGACTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt < 2:88003/113‑1 (MQ=255) aCTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt < 2:1355966/108‑1 (MQ=255) aCTTATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt > 1:1355966/1‑108 (MQ=255) ttATTTTCTGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGAttttt > 1:574542/1‑139 (MQ=255) tGCTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATaaa > 1:345636/1‑139 (MQ=255) cTTACCA‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATaaaaa > 1:258306/1‑139 (MQ=255) | TGACATTTACACAACAAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑‑AAAAAAA‑GCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAA > NC_000913/3922801‑3923056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |