| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,789,352 | G→A | R244C (CGC→TGC) | waaH ← | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,789,352 | 0 | G | A | 100.0% | 225.7 / NA | 71 | R244C (CGC→TGC) | waaH | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (29/42); total (29/42) | |||||||||||
GTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTTAAAC > NC_000913/3789217‑3789485 | gtgggCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCGCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 1:1252121/136‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCTGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 1:131553/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 1:498773/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 2:910947/139‑1 (MQ=255)gTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 2:299191/139‑1 (MQ=255) tGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTaa < 1:1742174/139‑1 (MQ=255) gCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATc > 2:928161/1‑139 (MQ=255) tAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 2:1273576/130‑1 (MQ=255) tAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt > 1:1273576/1‑130 (MQ=255) aGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCATTG‑CTCGGAAGGTAATTTCTGATTGAAATT‑CGGGTAAAACATTAATTTTTCGGGCTAATTTTGGATTTATTTCTCCCAGCAGCCAGTTAATTTtattat > 1:366751/1‑139 (MQ=255) 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cTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGta < 2:943344/139‑1 (MQ=255) a‑tgaAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc > 2:279089/1‑108 (MQ=255) a‑tgaAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc < 1:279089/108‑1 (MQ=255) a‑tgaAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGtatta < 1:846686/139‑1 (MQ=255) gaAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATg < 1:928161/139‑1 (MQ=255) gATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc < 1:919913/97‑1 (MQ=255) gATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTccc > 2:919913/1‑97 (MQ=255) aTCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt < 1:625540/50‑1 (MQ=255) aTCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGt > 2:625540/1‑50 (MQ=255) aaTTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACt > 2:783999/1‑105 (MQ=255) aaTTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACt < 1:783999/105‑1 (MQ=255) ttGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGAtt < 2:927336/139‑1 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTaa < 1:548767/41‑1 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTaa > 2:548767/1‑41 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg > 1:522442/1‑103 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTg < 2:522442/103‑1 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GTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGA‑TGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCT‑CCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTTAAAC > NC_000913/3789217‑3789485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |