| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,759,680 | (C)5→6 | coding (844/1221 nt) | sufS ← | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 97.1% | 111.3 / ‑3.2 | 34 | coding (849/1221 nt) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (20/13); total (21/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
GTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑C‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759539‑1759807 | gtgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑c < 2:843601/139‑1 (MQ=255) aTCCGGTACAGATTCCAGCTGAGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTAcc > 2:923860/1‑139 (MQ=255) tCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCg > 1:453880/1‑139 (MQ=255) ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCgg > 2:1218127/1‑139 (MQ=255) ggTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCt > 2:41300/1‑139 (MQ=255) ggTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCt > 1:733499/1‑139 (MQ=255) tACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTc > 2:140502/1‑139 (MQ=255) gATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAc < 2:453880/139‑1 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 2:726041/102‑1 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 1:726041/1‑102 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCAt > 1:1517702/1‑139 (MQ=255) aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCAt > 1:1311993/1‑139 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccccggta < 2:1429814/105‑6 (MQ=255) aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccccggta > 1:1429814/1‑100 (MQ=255) cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt < 2:1517702/139‑1 (MQ=255) cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACgg > 1:11247/1‑139 (MQ=255) cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTACTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACgg > 2:694055/1‑139 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:41300/139‑1 (MQ=255) tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:733499/139‑1 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:145098/132‑1 (MQ=255) ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 2:145098/1‑132 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccccc < 1:1014697/55‑2 (MQ=255) aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑ccccc > 2:1014697/1‑54 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 1:633760/1‑139 (MQ=255) ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 1:9401/1‑139 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGTCCAATGATG‑c‑cccccggt < 2:172656/53‑5 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑cccccggt > 1:172656/1‑49 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑c > 1:230554/1‑46 (MQ=255) ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑c‑c < 2:230554/46‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCg < 2:512561/76‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCg > 1:512561/1‑76 (MQ=255) cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTAGCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGCCGGTGGc > 2:1137461/1‑106 (MQ=255) cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCATGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:1137461/106‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAtct > 1:1121830/1‑139 (MQ=255) aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTgg > 2:1114642/1‑71 (MQ=255) aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTgg < 1:1114642/71‑1 (MQ=255) cgccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:573695/65‑1 (MQ=255) cgccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:573695/1‑65 (MQ=255) ccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:272617/1‑63 (MQ=255) ccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:664221/1‑63 (MQ=255) ccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:664221/63‑1 (MQ=255) ccgcgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:272617/63‑1 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTgg > 1:1070713/1‑97 (MQ=255) cgccAAGACCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTgg < 2:1070713/97‑1 (MQ=255) aCCAATGATGCC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGc < 1:923860/139‑1 (MQ=255) atgatgcC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct < 2:810155/139‑1 (MQ=255) atgatgcC‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct < 1:1218127/139‑1 (MQ=255) atgatg‑CACCCCGGTAGTGGGTGTACCGGGTTCAAACCGCCATGGAGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGTCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct < 2:989121/139‑1 (MQ=255) | GTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑C‑CCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759539‑1759807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |