| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 94.8% | 258.9 / 4.9 | 77 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base G (40/33); total (41/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
TATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664222‑3664479 | tATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑ggg < 1:999598/139‑1 (MQ=255)tATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑ggg > 1:581561/1‑139 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGTTAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggg > 1:1142268/1‑139 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt > 2:1439583/1‑135 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt < 1:1439583/135‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggg > 2:1326395/1‑139 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAA‑gggg > 1:334872/1‑139 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGATTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAATATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:972995/1‑139 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑ggg < 1:1287662/127‑1 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑ggg > 2:1287662/1‑127 (MQ=255) ggggATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGtt < 2:322109/139‑1 (MQ=255) cAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGttaattaa > 2:369693/1‑139 (MQ=255) gTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:581561/139‑1 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAACCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATGACTCAGTATCCGTGCATTTACCCCGTATTCATTGAAGTTACCAAAAATCGCCGCCACCAGAGGGCTG‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAaaaa < 1:788594/139‑1 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:14009/1‑139 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:850416/139‑1 (MQ=255) taagaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:139774/3‑139 (MQ=255) gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt > 2:474406/1‑101 (MQ=255) gaAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt < 1:474406/101‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGATTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:972995/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1142268/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:369693/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1326395/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggt < 2:471310/107‑3 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggt > 1:471310/1‑105 (MQ=255) gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa > 1:711334/1‑139 (MQ=255) aTAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:854730/1‑126 (MQ=255) aTAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:854730/126‑1 (MQ=255) aCAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:482345/1‑102 (MQ=255) aCAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt < 1:482345/102‑1 (MQ=255) aGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGc > 1:265377/1‑139 (MQ=255) ggTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:711334/139‑1 (MQ=255) agagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTTACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTGGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCt < 2:1078011/139‑1 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTg > 1:21672/1‑139 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg > 1:1507/1‑81 (MQ=255) gagCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg < 2:1507/84‑4 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGAc > 1:1109823/1‑139 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGAc > 1:1243383/1‑139 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:1136931/94‑1 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:1136931/1‑94 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAat > 1:659388/1‑139 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:1432950/1‑93 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:1432950/93‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:1518541/103‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:1518541/1‑103 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt > 2:1471467/1‑137 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgt < 1:1471467/137‑1 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggt > 2:397289/1‑66 (MQ=255) 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ccccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTg > 2:366723/1‑139 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 1:773716/139‑1 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGt < 1:1372923/139‑1 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc > 1:106688/1‑131 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 2:106688/131‑1 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCt > 2:1416771/1‑73 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCt < 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cAAAAATCACCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtc < 1:530814/139‑1 (MQ=255) ccGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg > 2:1510993/1‑113 (MQ=255) ccGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAg < 1:1510993/113‑1 (MQ=255) ccGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 1:621031/1‑139 (MQ=255) ccGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 1:722790/1‑139 (MQ=255) ccGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt < 2:659388/139‑1 (MQ=255) ccGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt < 1:366723/139‑1 (MQ=255) cGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:895072/41‑1 (MQ=255) cGGCATGGGGGGGTGACTAGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 1:895072/1‑41 (MQ=255) | TATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664222‑3664479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |