| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,518 | (C)6→7 | intergenic (+360/‑251) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,512 | 1 | . | C | 96.3% | 185.9 / ‑0.2 | 54 | intergenic (+354/‑257) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (26/26); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑CC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGAC > NC_000913/1712379‑1712637 | aGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccc < 2:122026/139‑1 (MQ=255)aGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccc < 1:37506/139‑1 (MQ=255) gTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccccc > 2:336788/1‑138 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccccctct > 2:684457/1‑101 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccccctct < 1:684457/105‑5 (MQ=255) ccTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGa > 2:697825/1‑139 (MQ=255) cTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc > 2:837393/1‑94 (MQ=255) cTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc < 1:837393/94‑1 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGaaaaa > 1:866199/1‑139 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGaaaaa > 1:340197/1‑139 (MQ=255) ttACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg < 2:154120/139‑1 (MQ=255) tGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGAt > 1:1080203/1‑139 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTcagtgc < 1:965647/90‑1 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg > 1:1231594/1‑131 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg < 2:1231594/131‑1 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑CCGCCCCTCTcagtgc > 2:965647/1‑90 (MQ=255) cTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 2:1321077/1‑139 (MQ=255) ttttCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACAttt > 1:453966/1‑139 (MQ=255) aCTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATg > 1:1034862/1‑139 (MQ=255) gACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTg > 2:508622/1‑139 (MQ=255) cTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCgg > 1:645632/1‑121 (MQ=255) cTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCgg < 2:645632/121‑1 (MQ=255) cTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGc > 2:327169/1‑139 (MQ=255) aGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 1:467702/139‑1 (MQ=255) aGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 1:336788/139‑1 (MQ=255) aGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt > 2:467702/1‑139 (MQ=255) aGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 1:508622/139‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAAc > 1:1164450/1‑97 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAAc < 2:1164450/97‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 1:630203/1‑107 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc < 2:630203/107‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg < 2:1080203/139‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg > 2:1279549/1‑139 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg < 2:475625/139‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccc > 2:1210246/1‑46 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑cc‑ccc < 1:1210246/46‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTAAATAACAGAACATATCGCCGTTAAGCCCTTCC‑CC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg < 1:1240553/139‑1 (MQ=255) aaaaCGCTAAATAGCAGAAGATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGt > 2:622394/1‑139 (MQ=255) aaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCg > 1:173343/1‑132 (MQ=255) aaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCg < 2:173343/132‑1 (MQ=255) aaaTAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCgg > 1:306726/1‑107 (MQ=255) aaaTAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCgg < 2:306726/107‑1 (MQ=255) aaTAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTaa < 2:1034862/139‑1 (MQ=255) aaTAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTaa < 2:866199/139‑1 (MQ=255) cAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCCGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTaa > 2:1089962/1‑81 (MQ=255) cAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg > 1:593322/1‑83 (MQ=255) cAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg < 2:593322/83‑1 (MQ=255) cAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCACTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTaa < 1:1089962/81‑1 (MQ=255) gAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGatta < 1:327169/139‑1 (MQ=255) gAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGatta < 1:1279549/139‑1 (MQ=255) cATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCTGGAATGGTTGAATTCCCCGcc > 2:662779/1‑115 (MQ=255) cATATCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGcc < 1:662779/115‑1 (MQ=255) atCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg < 2:381222/75‑1 (MQ=255) atCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg > 1:381222/1‑75 (MQ=255) atCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTg > 1:759660/1‑101 (MQ=255) atCGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTg < 2:759660/101‑1 (MQ=255) cGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg < 1:933190/114‑1 (MQ=255) cGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg < 1:1084962/114‑1 (MQ=255) cGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg > 2:933190/1‑114 (MQ=255) cGCCGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAg > 2:1084962/1‑114 (MQ=255) cGTTAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGAc < 2:563789/139‑1 (MQ=255) ttAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGa < 1:723117/73‑1 (MQ=255) ttAAG‑CCATCACCC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGa > 2:723117/1‑73 (MQ=255) | AGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAG‑CCATCA‑CC‑CCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGAC > NC_000913/1712379‑1712637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |