| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 90.8% | 212.3 / 12.3 | 65 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base G (30/29); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489 | tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 2:934419/1‑139 (MQ=255)tGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:912819/139‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCGGCGGCAT‑ggg‑g > 1:881377/1‑139 (MQ=255) gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACt < 2:408702/139‑1 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAAc > 2:480699/1‑139 (MQ=255) ttctttctTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:722568/139‑1 (MQ=255) ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:480699/139‑1 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:1189235/1‑136 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:1189235/136‑1 (MQ=255) ttaaTGAAAAAACATCAATAACCAGAAAAGGTAGAGCTTATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTTTCAAAATTCCCCGTCACCACCGGAAG‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCt < 2:881377/136‑1 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt < 1:934419/139‑1 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:1182178/1‑139 (MQ=255) aaaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgt > 2:350315/1‑139 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1340259/139‑1 (MQ=255) gATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt > 2:438118/1‑139 (MQ=255) aTAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTa < 2:1232447/139‑1 (MQ=255) tAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaa > 2:204184/1‑139 (MQ=255) aaaCAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa < 1:438118/139‑1 (MQ=255) ggAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg < 1:1182178/139‑1 (MQ=255) agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:1174453/135‑1 (MQ=255) agCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 1:1174453/1‑135 (MQ=255) gCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGAc > 2:148805/1‑139 (MQ=255) tatTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGaa < 1:204184/139‑1 (MQ=255) tttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:404815/102‑1 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:404815/1‑103 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGt < 2:1058358/83‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGt > 1:1058358/1‑83 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 1:617187/1‑95 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:617187/95‑1 (MQ=255) tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAatat > 1:1245347/1‑139 (MQ=255) aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g > 1:896574/1‑63 (MQ=255) aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑g < 2:896574/63‑1 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 2:126981/1‑139 (MQ=255) cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:658461/1‑97 (MQ=255) cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:658461/97‑1 (MQ=255) cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta < 1:350315/139‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaaa < 1:1228254/81‑1 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACaaa > 2:1228254/1‑81 (MQ=255) gTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAAt > 2:164576/1‑139 (MQ=255) aTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 1:164576/139‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGttaatt < 1:645308/70‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGttaatt > 2:645308/1‑70 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt > 2:997666/1‑45 (MQ=255) cccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAt < 1:997666/45‑1 (MQ=255) ccGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTc > 1:712262/1‑139 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:809655/72‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:809655/1‑72 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:298308/82‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:298308/1‑82 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa > 2:1095516/1‑130 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCa < 1:1095516/130‑1 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:892419/81‑1 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:892419/1‑81 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:1205958/139‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:283744/66‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:1265738/1‑66 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:283744/1‑66 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1265738/66‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCt > 2:1272577/1‑63 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCt < 1:1272577/63‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTTTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGTAGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 1:854379/1‑139 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt > 2:1254848/1‑128 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt < 1:1254848/128‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt > 1:589159/1‑139 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGTGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 1:445707/139‑1 (MQ=255) aaaaTCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 2:1245347/139‑1 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:1055727/118‑1 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 1:1055727/1‑118 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:135273/1‑55 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:135273/55‑1 (MQ=255) cGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa > 2:498553/1‑139 (MQ=255) cGGCATGGGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa > 1:1164352/1‑139 (MQ=255) | TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGG‑GGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664219‑3664489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |