| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 96.7% | 413.6 / 4.8 | 120 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base G (57/59); total (59/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664223‑3664479 | aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt > 1:264590/1‑135 (MQ=255)aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAt < 2:264590/135‑1 (MQ=255) aaaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg < 1:564438/139‑4 (MQ=255) gTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACt < 1:377680/139‑1 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 2:1263651/1‑139 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggg > 2:1805834/1‑130 (MQ=255) aGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggg < 1:1805834/130‑1 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAAc > 2:1515319/1‑139 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAAc > 1:1466095/1‑139 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg > 1:27660/1‑122 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtg < 2:27660/125‑4 (MQ=255) aGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGAATGGgtaaataaaa > 2:878801/1‑137 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt < 2:126925/124‑1 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGt > 1:126925/1‑124 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:949361/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:382068/131‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:1263651/139‑1 (MQ=255) cGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:1507241/1‑118 (MQ=255) cGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:1507241/118‑1 (MQ=255) aTAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACt > 2:887347/1‑103 (MQ=255) aTAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑ggg < 2:1566765/94‑1 (MQ=255) tAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaa > 2:408171/1‑139 (MQ=255) tAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggggtga > 2:1756555/1‑96 (MQ=255) aaaCAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa < 2:362469/139‑1 (MQ=255) gAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGt > 2:1549667/1‑139 (MQ=255) aaaGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCATCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTg > 1:319009/1‑139 (MQ=255) gTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:1441972/139‑1 (MQ=255) gTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:676377/139‑1 (MQ=255) gagC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑g > 1:1299760/1‑76 (MQ=255) agC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 2:1826610/139‑1 (MQ=255) gC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTg > 2:636292/1‑81 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:863622/1‑99 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:863622/99‑1 (MQ=255) atTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCAGTAACCAG‑CGGCATGGGGGGGAGACTGGTTAATTAAAACACGGTCTTTGCTGTGTAATCCTAAATTGAGTGGTAGCTGACGAat > 1:1826610/1‑139 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:1136802/1‑98 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:1136802/98‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGaa > 1:1525909/1‑137 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑gggggg > 2:1371806/1‑74 (MQ=255) tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAatat > 2:30455/1‑139 (MQ=255) cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATAttt > 1:687102/1‑139 (MQ=255) aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTaaa > 2:1656447/1‑112 (MQ=255) 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tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTg > 2:1063672/1‑79 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGc > 1:1093478/1‑88 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGc < 2:1093478/88‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaagta < 1:64144/108‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc < 1:1605081/113‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGc > 2:1605081/1‑113 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgt < 2:411896/139‑1 (MQ=255) aaaaTCGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1440023/139‑1 (MQ=255) cGCCGTCACCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 1:961286/139‑1 (MQ=255) aCCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTgg < 1:1006669/69‑1 (MQ=255) aCCAG‑CGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGGCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTgg > 2:1006669/1‑69 (MQ=255) | ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGC‑ATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAG‑CGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAT > NC_000913/3664223‑3664479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |