| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,931,183 | (G)7→8 | intergenic (‑90/‑133) | ravA ← / → kup | hexameric AAA+ MoxR family ATPase, putative molecular chaperone/potassium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,931,176 | 1 | . | G | 97.5% | 282.1 / ‑0.6 | 80 | intergenic (‑83/‑140) | ravA/kup | hexameric AAA+ MoxR family ATPase, putative molecular chaperone/potassium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (35/43); total (36/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
AACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGAC > NC_000913/3931041‑3931309 | aaCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑ggg > 1:1415520/1‑139 (MQ=255) aaCTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑ggg > 1:1490961/1‑139 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAATTTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑ggg > 1:1084252/1‑134 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑ggggtatt > 2:11343/1‑134 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑ggg < 2:1084252/134‑1 (MQ=255) gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCt > 1:956808/1‑139 (MQ=255) gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCt < 2:956808/139‑1 (MQ=255) cGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCtt < 2:790053/139‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAg < 2:1490961/139‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAg < 1:713615/139‑1 (MQ=255) aaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGc < 1:300688/139‑1 (MQ=255) ccGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTaa > 2:570487/1‑139 (MQ=255) taataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAAtgtg > 1:1150643/1‑139 (MQ=255) aataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 1:11343/139‑1 (MQ=255) ggTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑g > 2:1571154/1‑98 (MQ=255) ggTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑g < 1:1571154/98‑1 (MQ=255) gTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑g > 1:1733328/1‑97 (MQ=255) gTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑gggg‑g < 2:1733328/97‑1 (MQ=255) aGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑GGGGAGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGt > 2:480544/1‑139 (MQ=255) ggCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtttt > 1:1401414/1‑133 (MQ=255) ggCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtttt < 2:1401414/133‑1 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGTCGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 1:217281/139‑1 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg > 1:1108590/1‑110 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa > 2:217281/1‑139 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:1150643/139‑1 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:514794/139‑1 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:89503/139‑1 (MQ=255) gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑GGGGAGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 1:480544/139‑1 (MQ=255) gCGTCCATTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 2:1108590/110‑1 (MQ=255) cGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 1:378975/109‑1 (MQ=255) cGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg > 2:378975/1‑109 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGGGGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 1:649795/108‑1 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGGGGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg > 2:649795/1‑108 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg > 1:1413537/1‑107 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 2:1413537/107‑1 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg > 1:201147/1‑107 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 2:201147/107‑1 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAg > 2:400268/1‑120 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAg < 1:400268/120‑1 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGt > 1:1002047/1‑134 (MQ=255) tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGt < 2:1002047/134‑1 (MQ=255) cTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGt > 2:1283430/1‑139 (MQ=255) cTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGcc > 2:176177/1‑92 (MQ=255) cTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGcc < 1:176177/92‑1 (MQ=255) cTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCtt < 2:631443/139‑1 (MQ=255) cTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCtt > 2:410263/1‑139 (MQ=255) tGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt < 1:1654618/109‑1 (MQ=255) tGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt > 2:1654618/1‑109 (MQ=255) cGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACtgt < 2:157224/130‑1 (MQ=255) cGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACtgt > 1:157224/1‑130 (MQ=255) aTTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTgg > 2:1746144/1‑139 (MQ=255) gCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGcc > 1:649102/1‑139 (MQ=255) cGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCa < 2:431095/139‑1 (MQ=255) gAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGC‑TTTTTGTGGGCCa > 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1:326143/104‑1 (MQ=255) tctcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCa > 2:326143/1‑104 (MQ=255) tctcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAggg > 2:779999/1‑108 (MQ=255) tctcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAggg < 1:779999/108‑1 (MQ=255) tctcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAg > 1:623871/1‑139 (MQ=255) ctcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGa < 2:192020/139‑1 (MQ=255) tcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGAc < 2:623871/139‑1 (MQ=255) tcAAAG‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGAc < 2:963356/139‑1 (MQ=255) | AACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑GGGG‑GGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGAC > NC_000913/3931041‑3931309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |