| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,363 | (G)6→7 | coding (256/729 nt) | gadW ← | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,357 | 1 | . | G | 98.6% | 241.1 / ‑4.0 | 69 | coding (262/729 nt) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (37/31); total (38/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664223‑3664489 | aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggg > 1:1270975/1‑139 (MQ=255) tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTg > 1:1181211/1‑139 (MQ=255) tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTg > 1:1332354/1‑139 (MQ=255) tAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTg > 2:416938/1‑139 (MQ=255) aGGGGATTAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGt < 2:158158/139‑1 (MQ=255) ggATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGttaa < 1:695973/139‑1 (MQ=255) ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAAATTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 2:334413/139‑1 (MQ=255) ttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGtt > 2:1226744/1‑126 (MQ=255) ttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGtt < 1:1226744/126‑1 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:766215/1‑136 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:766215/136‑1 (MQ=255) tcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:1201331/139‑1 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:439015/133‑1 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:439015/1‑133 (MQ=255) tATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCtt > 2:148124/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:808910/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:1088424/1‑139 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:603381/139‑1 (MQ=255) aaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGATAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1181211/139‑1 (MQ=255) cGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa < 2:541149/135‑1 (MQ=255) cGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTa > 1:541149/1‑135 (MQ=255) aaCAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAAt < 2:1332354/139‑1 (MQ=255) 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1:196474/129‑1 (MQ=255) ttGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 2:196474/1‑129 (MQ=255) tGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAatat > 1:707220/1‑139 (MQ=255) ctctGTATCGGTGAATTTAACACGGAATCACTCAAGCTATCAAAAATCGCCGTCATAAGCGGCTGA‑CGCTGCTGACGAATTAATTAACAAACGGTTTTTTCTGTGTAACACTAAATTGAGTGGTAGCTGACGAATAttt > 1:212123/1‑139 (MQ=255) cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:594867/105‑1 (MQ=255) cTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:594867/1‑105 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATAtt < 1:1304315/133‑1 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATAtt > 2:1304315/1‑133 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTgtaa > 1:1360078/1‑139 (MQ=255) aTCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 1:473228/99‑1 (MQ=255) aTCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 2:473228/1‑99 (MQ=255) aTCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtga > 2:200673/1‑65 (MQ=255) aTCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggtga < 1:200673/69‑5 (MQ=255) aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 1:419009/1‑77 (MQ=255) aaTTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 2:419009/77‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 1:987869/80‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 2:987869/1‑80 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCt > 2:583587/1‑82 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCt < 1:583587/82‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 2:844288/1‑139 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaa > 1:219552/1‑139 (MQ=255) aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACt < 1:285087/59‑1 (MQ=255) aCCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACt > 2:285087/1‑59 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggt > 1:245875/1‑47 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑gggggggt < 2:245875/49‑3 (MQ=255) aTTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 1:343466/1‑139 (MQ=255) aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:1071987/71‑1 (MQ=255) aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg > 1:1071987/1‑71 (MQ=255) aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa > 2:1006358/1‑96 (MQ=255) aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGa < 1:1006358/96‑1 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:806200/129‑1 (MQ=255) gCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 2:806200/1‑129 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGt > 2:416449/1‑41 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGt < 1:416449/41‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa > 2:962320/1‑51 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACaa < 1:962320/51‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 1:519295/61‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg > 2:519295/1‑61 (MQ=255) aaaaTCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAgtcgt < 1:1088424/139‑1 (MQ=255) aTCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTcgc > 2:237732/1‑139 (MQ=255) tCGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTcgcg > 1:959295/1‑139 (MQ=255) cGCCGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGt < 1:416938/139‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 1:764962/1‑77 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:764962/77‑1 (MQ=255) ccGTCACCAGCGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCGAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTAt > 2:811670/1‑139 (MQ=255) cGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 1:1334132/1‑105 (MQ=255) cGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:1334132/105‑1 (MQ=255) cGGC‑ATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACa < 1:844288/139‑1 (MQ=255) | ATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGC‑AT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACA > NC_000913/3664223‑3664489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |