| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,298,277 | T→C | 13.2% | intergenic (+405/+310) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,298,277 | 0 | T | C | 13.2% | 240.5 / 9.5 | 152 | intergenic (+405/+310) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/57); new base C (11/13); total (78/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > CP009273/2298130‑2298421 | gATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGGGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTTGGTTGGATCGGGCGGTTACGCG‑GCATCCGACATCCAGCGTc > 1:1202426/1‑149 (MQ=11) gCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCATGCGCCGCCGTGAGGAGCCCAGCCCCCGGGGTTGGATAAGGCTGTTACGCC‑CCGTCCGGCACACAACGGCCGAGcc > 1:322520/1‑149 (MQ=11) ccgtcaggccgtctCCGACATCTAGCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCTCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTcc < 2:669921/130‑1 (MQ=11) ggTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg > 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tCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAGGTGCTGCACCCCGTAGGGTGGGTAAGGCGGTTACGCC‑GCAGACGACAGCCAACGCCGGAGCCGGTTGCCCGATGCGa > 2:42983/1‑143 (MQ=11) ccaaCGCCCAAGCCGGTGGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 1:662564/147‑1 (MQ=255) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg > 1:261974/1‑149 (MQ=37) aaCGCCCAAGCCGGTTGCTGGATGCGACGCTGGAGCGTCTTATCAGGCCTACACCGATGTGAGGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGTCGGTTGCCTGATGCGACCCCGgcgt > 1:954841/1‑148 (MQ=11) aaCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 1:60455/149‑1 (MQ=17) 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cccGTCGGTTGGATACGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 2:692571/143‑1 (MQ=255) cccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTATGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 2:193221/143‑1 (MQ=255) gTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAAAGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTGCGCCGCACCCGAcct > 1:380896/1‑147 (MQ=255) tAGGTTCGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGCCCGCGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 1:105432/149‑1 (MQ=255) ggTCGGATCAGGCCGTTCCTCC‑GCACCCGACATCCACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 2:624594/143‑1 (MQ=11) ggATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGc < 1:556150/149‑1 (MQ=17) agATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCCACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGc < 1:1007687/148‑1 (MQ=25) gATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCCCCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGGCGGATAAGGCGGGTCCGCCGCCTCCGCCacgc > 2:646300/1‑140 (MQ=11) aaGGCGTTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCaa < 1:922394/149‑1 (MQ=21) aaGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACGTCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCaa > 1:852008/1‑149 (MQ=25) aaGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCAACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGAGGTTACGGCGCATCCGACATCTAACGCCCag > 1:265675/1‑148 (MQ=255) gCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACgag > 2:409321/1‑141 (MQ=25) gCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTACCCCGCTGCGACGTGCTCCACCCCGTAGGGCGGATAAGCCGGTTACGCCGCATCCGACACCCAACGcc > 2:813938/1‑143 (MQ=11) cGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCg < 1:1132775/149‑1 (MQ=34) ttACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACCCCGCATCCGCCATCTAACGCCCCAGCCGGtt > 1:150380/1‑149 (MQ=16) ccgcc‑gcATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGTTGGTGCTTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:363711/148‑1 (MQ=12) aCGCC‑GCATCCGACATCCCACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:912485/149‑1 (MQ=17) cgcc‑gcATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCGTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGcc > 1:1035222/1‑149 (MQ=17) gcc‑gcATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATCAGGCGGTTACGCCGCATCCGCCATCTAACGCCCCAGCCgg > 2:527759/1‑143 (MQ=12) ccgcgcccGCCATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGt < 2:1081736/137‑1 (MQ=12) aCATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCGCCCCGTAGGGCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACGTCTACCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg > 2:1028433/1‑143 (MQ=11) tCCACCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCACATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 1:1089262/149‑1 (MQ=17) tCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 1:996431/149‑1 (MQ=32) ccAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 2:161446/1‑143 (MQ=32) ccAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTCCGAAGTGCCCCGCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTCCACCGCATCCGACGACCAACGCCCAAGCCGGGTGCCTggggccac > 2:771705/1‑136 (MQ=11) aaCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGAGGCTGgcgc > 1:206369/1‑149 (MQ=17) | GATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCC‑GCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > CP009273/2298130‑2298421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |