| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 454255 | 5 (0.280) | 6 (0.340) | 6/262 | NT | 55.3% | intergenic (+99/‑89) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | CP009273 | = 604803 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
GAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTAT > CP009273/604667‑604944 | gtgCTTACAGGTGTCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATccc < 1:202714/147‑1 (MQ=25) gcgtACAGGGGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCCGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCg < 1:295052/146‑1 (MQ=255) tgaccggTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCa < 1:147125/144‑1 (MQ=255) ggCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCata > 2:258046/1‑143 (MQ=40) ttCGTGGGACAGTATCCCTCACAACCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGACGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATTGGAGT‑AATCCCCGCATATCCgg < 2:192267/143‑1 (MQ=255) gggACAGTACCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtca < 1:295853/149‑1 (MQ=255) tATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGt > 1:280789/1‑149 (MQ=255) tCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGATCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTaa < 1:222897/149‑1 (MQ=255) ccTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCa > 2:299246/1‑143 (MQ=255) gCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCGGGTTTac < 2:50879/143‑1 (MQ=255) tGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACttt > 2:278301/1‑143 (MQ=255) gcgAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTg > 2:119256/1‑143 (MQ=255) cgtcgtAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGAt < 2:276490/143‑1 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATgg > 2:38508/1‑143 (MQ=255) cACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTCGCG‑TTTGGGTATTCTATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTAc < 1:92742/149‑1 (MQ=37) cACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTAc < 1:102667/149‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGAtgtt > 1:179728/1‑149 (MQ=255) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTATCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCaa > 1:221920/1‑149 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAACTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTa > 2:140074/1‑143 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTaa > 2:190440/1‑143 (MQ=255) aaCTCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGtt < 2:28893/143‑1 (MQ=255) gtGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCGGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTAt < 2:210766/142‑1 (MQ=255) | GAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGT‑AATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTAT > CP009273/604667‑604944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |