| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,953,437 | Δ1 bp | 67.6% | pseudogene (178/243 nt) | yifN ← | PemK toxin family pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,953,437 | 0 | C | . | 67.6% | 46.2 / 56.1 | 37 | pseudogene (178/243 nt) | yifN | PemK toxin family pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/7); new base . (15/10); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
GGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTA > CP009273/3953300‑3953580 | gggcccTCAAGGGGAGAAGACTTAGGGCCTCTATGGACTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATCGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGACTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAtgtg < 2:25293/140‑1 (MQ=255)gggcccTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAtgtg < 2:48302/140‑1 (MQ=255) cccTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACT‑ATGTGGCaa < 2:250306/143‑1 (MQ=255) aGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTaa < 1:189361/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |