| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009273 | = 2298494 | 109 (1.560) | noncoding (599/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGCG > CP009273/2298349‑2298639 | gTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCC‑CCCCACATCtta > 2:1168461/1‑147 (MQ=255) gTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTGATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA‑TCCAACATCTaa > 2:941847/1‑149 (MQ=21) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGGTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA‑TCCAACATCTAAc > 2:292099/1‑149 (MQ=21) 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gATAAGGCGGTTACGCCGCA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGa > 1:357326/1‑149 (MQ=255) ggggggTTACGCCGCG‑TCCGACGTCTTTGGGCGGGGCCGGTCTCCTGACTCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACgg < 2:491929/145‑1 (MQ=255) ggcggaagcgccgga‑tccaacctacggggtggaggacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcaacaggactgggctttagaggtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagca > 1:549510‑M2/9‑21 (MQ=255) cGGTCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGtt > 1:833040/1‑149 (MQ=255) tACGTCGCA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACAGCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCgg < 1:725473/149‑1 (MQ=255) ccgcA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTc > 1:410049/1‑149 (MQ=255) ccgcA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTc < 1:411608/149‑1 (MQ=255) ccgcA‑TCCAACATCTAACGCCAGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTc > 1:647097/1‑149 (MQ=255) gcA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCaa < 2:1068310/149‑1 (MQ=255) a‑tctaacatctaacGCCCGAGCAGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACt < 1:91502/149‑1 (MQ=255) tCCAACctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgta < 1:886328‑M2/149‑144 (MQ=255) cccaCATCTAAGGCCCGGGCCGGTTGCCGTATGCGACGCTGGTGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATCCCATGCCGGATGCGGCGTATAATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGc < 2:530095/146‑1 (MQ=255) cccACctacgtggtggagcacttcacagcggcgtccgcctgataagatgcgcgagcgtcgcatcacgcaaccggcttggtcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtag > 2:741997‑M2/1‑5 (MQ=255) cAACctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtagg < 2:1027994‑M2/149‑146 (MQ=255) aaCctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatca > 2:205789‑M2/1‑3 (MQ=255) aaCctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatca < 2:1168335‑M2/63‑61 (MQ=255) | TAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA‑TCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTTTCAACTGCG > CP009273/2298349‑2298639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |