| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,894,506 | C→T | 6.2% | intergenic (+74/+46) | yoaC → / ← yoaH | DUF1889 family protein/UPF0181 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,894,506 | 0 | C | T | 6.2% | 272.1 / 3.3 | 90 | intergenic (+74/+46) | yoaC/yoaH | DUF1889 family protein/UPF0181 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/41); new base T (2/4); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
AATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTA‑AATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATA > NC_000913/1894236‑1894785 | aaTATTTAAAAGAACTGGGGGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGatca < 2:995130/280‑1 (MQ=255) aCTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCCTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAAGGATCATCGCCTCCTATAAc > 2:179575/1‑281 (MQ=255) gTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATTAAATGAACATCGGCTTCTATAACGAAAt < 1:1000614/279‑1 (MQ=255) aCCCGGGAGTGCCGCTGATATTACGGGGCGAGCTT‑GCCAGGAAGGCTGGAACCCTTGGGTAACGGAAAAAATGGTTGGATGGTCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGAt < 2:4347/281‑1 (MQ=255) aCCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCATTGGTCCGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATTAAATGATCATAGGCTCCAATAACGAAATCg > 2:1000614/1‑279 (MQ=255) cccGGGGGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAAGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGGGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTGAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATa < 2:357296/281‑1 (MQ=255) cgAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGa > 1:618300/1‑281 (MQ=255) 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cgcgAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTc < 2:247308/280‑1 (MQ=255) gcgAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCa > 1:52762/1‑280 (MQ=255) gcgAGCTG‑ACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATC‑ACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCAt > 2:13619/1‑281 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |