| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 696506 | 220 (1.020) | 5 (0.040) | 4/294 | 13.0 | 3.0% | intergenic (‑2/+36) | glnX/glnV | tRNA‑Gln/tRNA‑Gln |
| ? | NC_000913 | 696619 = | 174 (1.230) | intergenic (‑3/+45) | glnV/metU | tRNA‑Gln/tRNA‑Met | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CATTCGACATTGAATGAACGCAGAAAAGCAAAAAGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAA‑CCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTGAACCGCTTACTCGAAGAAGATGG > NC_000913/696370‑696867 | tCGACATTGAATGAACGCAGAAAAGCAAAAAGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTCCGAGGATTCGA‑ACCTCGGCATGCCGGAATCAGCATCCGGAGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAAAAACtt > 1:1112761/1‑251 (MQ=255) tCGACATTGAATGAACGCAGAAAAGCAAAAAGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGGAAGAGTATTGAATAAATTGGCTTGGGTACGAGGATTCGA‑ACGGAGGAATGCCGGAAACAGAATCAGGTGCATTACAGCTTGGCGGTACCCTAACaaagt > 2:632709/1‑249 (MQ=37) cATTGAAGGAACGCAGAAAAGCAAAAAGCACGCCGAAGCGAGCTTATTTAATGGGGCTGGGGTACGAGGATTCGAAACACGGAATGACGGAATCAGAAACCGTTGCATTACAGCTTGGCGATACCCAAACAGGGTGAAAGTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGtt < 2:1555717/251‑1 (MQ=37) ttGAATGAACGCAGAAAAGCAAAAAGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGtttt < 1:2164107/251‑1 (MQ=255) ttGAATGAACGAAGAAAATCAAAAAACTCGCCGAAGCGGGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACGTCGGAATGCCTGAATCTGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCTATACCCCAACTGGGTGCACTTTCGCGGTAGGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGtttt < 2:591456/251‑1 (MQ=38) aaaaGCAAAAAGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACa < 1:894392/251‑1 (MQ=255) aaaaGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGTACTTACAAGGTAAGCGTCTAGACTAAATTGGCTTGGGTACGAGGATTCGA‑CGCTCGGCATGCCGGAATGAGAATTCGGTGCCTTACCGCTTGGCAATACCCCAAATAATTAGTTTTTAATTTTCCGAACGTCTTcaa > 2:1007621/1‑249 (MQ=37) aGCTCGCCGAGGCGAGCTTTTATAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGCATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCCCTTGCAAGTAAAGCCCATGTAATACAATTGCGGGGGTAGGAGGCTACGACACCT‑TGATCGCCGGTCTCATAATCCGATGTCATCCCGATTAGCGACACTCCAACCTCTTGGTATTGATTTGGCCGATCCTATTCGaaaa > 2:1071272/1‑248 (MQ=12) aGCCCGCCGAAGCGTGCTTGTTTAATTTGACTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCCGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGCCTTTAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATAc < 1:508491/251‑1 (MQ=255) gCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCAATTGCAAGGTAAGCGACTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGACAGCCGGAAGCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGACGAAACGCCCACCAATTGGTTTTGAAATTGCCGACCACATTCGATACATTCAGaaact > 2:49570/1‑248 (MQ=37) ttttttAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATACGATACATTCAGAATTtggagga > 2:2246995/1‑250 (MQ=255) ttttttAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAATGTAAGCGTATTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGTTACGA‑AAGTCGGAAAGCCGGAATCAGAATCCGGTTCCTGTACGCTTGGCTATACTCTAACCACTTGGTTTTACATTTGCCCACCTTATTCGGTACaagcatgatcttgaggt > 2:1689462/1‑235 (MQ=21) tttttAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGAGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTATTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTTCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCt > 1:156000/1‑251 (MQ=255) tttttAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTGACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCt < 1:2039137/251‑1 (MQ=255) tttttAACGTGGATGTGGTACGGTGTCTCTAATCTCGGAAAGCCTGAACCTGCATCCACAGCATTAGTGATTCGGGCTGCCCCGAATGGGTGTAATTCCAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGTTTCGA‑ACCTCAGAATGCCGGAATCAGAAGCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTGGAATTTGCCGAACATATTCGATACAGTCAGAATTTGGTGGCt < 2:1771968/251‑1 (MQ=16) tgtgGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGCATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACgg > 1:1825815/1‑251 (MQ=255) tgGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCTCTTACACGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAACTTGGTCTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGa > 1:438928/1‑251 (MQ=255) gCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGAtt < 1:769968/251‑1 (MQ=255) gCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGAtt < 1:354644/251‑1 (MQ=255) gCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTAGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGAtt < 1:49569/251‑1 (MQ=255) tGGGGTACGGTGTTTCAAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAACCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTTGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTTAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCg < 2:1825629/251‑1 (MQ=255) tGGGGTACGGTGATTCGGACCTCGGGATGCCGGAATCCGAATTCGGTGCCTTGCCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAAGCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCg < 1:1766276/251‑1 (MQ=255) tGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGCGCCGTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCg < 1:710739/251‑1 (MQ=255) tGGGGTACCAGGTTTCGAACCGCGGAATGCCGGAATCAGAAACCGTTGCATTACCCCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCg < 2:288122/251‑1 (MQ=255) ggggTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGGACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGa < 1:1071356/251‑1 (MQ=255) 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gCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGTCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCcat < 2:261919/238‑1 (MQ=255) gCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGAATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGcc < 2:2197155/177‑1 (MQ=255) tCAGAATCCGGTGCCTTACCGCGTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCcat < 2:1148918/231‑1 (MQ=255) aGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATAACCCAACTGGGTGCACTTACAAAGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACATAGGAAAGCCGGAAAAAGAATCAGGTGCCTTACCGCTTAGAGATACCGACCCAAATGGGGTTTGAATGTGCCGACCATATTGGATACATACAGAATTGGGTGGAGAAGACGGGATACGAGCCTGAGACCGCATCGTTATGAGTAATGTGCTCTaa > 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acaaATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAA‑CCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTGAACCGcct > 1:470692/1‑234 (MQ=255) acaaATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAA‑CCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTGAACCGCtt > 1:521807/1‑236 (MQ=255) acaaATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAA‑CCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTGAACCGCTTACTCGAAGAAGAt > 1:2091372/1‑249 (MQ=255) caaATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAA‑CCAACTg > 2:1038939/1‑111 (MQ=255) | CATTCGACATTGAATGAACGCAGAAAAGCAAAAAGCTCGCCGAAGCGAGCTTTTTTAATGTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGA‑ACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAA‑CCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTGAACCGCTTACTCGAAGAAGATGG > NC_000913/696370‑696867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |