| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,296,381 | +GC | intergenic (+587/+55) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 1 | . | C | 97.0% | 336.5 / 0.4 | 100 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base C (42/54); total (43/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 2 | . | G | 97.0% | 330.6 / 0.6 | 100 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base G (43/54); total (43/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑C‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTT > NC_000913/4296195‑4296617 || gacatttgaggataaagactaataGCGCAATACTCTGGTGTAGCGTGGTTTTGATTGGCGTGTCAGGCGGTTGTACCGCAACCGACTTCATCGCCGCGGGCGACGGTGACGTTGTCTAATCAGGCCAACGCCAGACAGCGAAATAGCCTAATTTAGCGTTATTTTGTAGGTCGGATATGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACTTCAATGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGt < 2:1046358/228‑1 (MQ=2) tCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGtt < 1:1032608/251‑1 (MQ=14) cAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTaa > 1:132801/1‑251 (MQ=18) aGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc > 1:1395581/1‑241 (MQ=11) gaagCCAGACCGAGCAATAGCCTTATTTGCCGTGTTTTTGGAGGTCGGATAAGTCGTTGACGCCGCATCCGAAATCACCGCCTGTTGCGACCCTTAACGCGTATTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTAC‑‑G‑‑C‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 2:990820/248‑1 (MQ=14) ngggtggtaaGCGCAAATGCATGATTTAGCCTGATTTTGTAGGTCGGATAATGCGTGTAGGCCTCAGCCGCCCTTAACGCCTGATGCGAAGCTTAACGCGTCTTATCAGGCTTACGCCAGAGGGCGCAATAGCCTGAGTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ACCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 2:874997/242‑1 (MQ=11) aCGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCTTCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 1:176164/251‑1 (MQ=255) aCGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa < 1:838268/251‑1 (MQ=255) 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gcccAATAGCCTGATTTGGGTTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACAGCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTcac < 2:533551/248‑1 (MQ=14) aaTAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTGGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCGGTTGCGACGCTTGCCGCGTTTTACCGGCCCTATCTTACCCGTGGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAccc > 2:53646/1‑251 (MQ=14) aaTAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCACACTCTTCACAccc > 1:341/1‑251 (MQ=255) 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tttAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGCTTTAGCGTGCTTTTGTCGGTCGGATAAGGCGCT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCCTATCAGGTCTATCTTAAcc > 1:162060/1‑211 (MQ=11) tttAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAAc > 1:56663/1‑251 (MQ=255) ttAGGGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATTCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAAcc < 2:132785/251‑1 (MQ=255) ttAGCGTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAGCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAAcc < 2:220712/251‑1 (MQ=255) cGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCATTAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATCAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑CTCCCACCTCAATCCCTGATGCGACGTTTGCCGCGTCTTCTCAGGCCTATTTTAAGCGTTGGTTCATTTTTCCATCCCTCTACCCCCGTTATCAAACCCTTc > 2:753378/1‑251 (MQ=11) gTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑CGC‑ATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTcc < 1:469305/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |