| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,295,700 | T→G | 16.3% | V407G (GTG→GGG) | gltP → | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,295,700 | 0 | T | G | 16.3% | 222.1 / 3.4 | 97 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/53); new base G (18/2); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCA > NC_000913/4295478‑4295935 | ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGCAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGGATCCTCGCCATGGCCCGGACTGTGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGGGGGG‑GGGGG‑GG‑TTGCCAAGggggga > 2:1201021/1‑237 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CCGGG‑GA‑TTGCCCAGggggg > 1:86933/1‑237 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GA‑TTGCCAAGTgggg > 1:453865/1‑237 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGGAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GA‑GTGCCCAGggggg > 1:1232552/1‑237 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTGATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGGACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATACCGTGGGGGGG‑CGTGG‑GA‑TTTGCAAGTgggga > 1:733083/1‑237 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGACAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGACTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GC‑TTGCCCAGGGGGaa > 1:101786/1‑239 (MQ=255)ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCCGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGGGCGGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTCGT‑GA‑TTGCCAAGCgggga > 2:708556/1‑237 (MQ=255) aCCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGCGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGCCTGCGGTTTATTTCTGTGGTTGACCGTTCTCTCGAAATGACGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAAAGCGCTGGCGGTG‑GTGGG‑GA‑TGTCCAAGgggggcaaa > 2:659100/1‑234 (MQ=255) tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTTCCCAGTGGGAACACaaaat > 1:1116352/1‑237 (MQ=255) tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGCGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGGAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTTACCGTATCCTCGACATGGCGAGCACTGCGCTGACCTGGGTGGGAAATGCGCTGGCGGTG‑TTGGG‑GAGTTGCAAAG‑GGGAACAGaaaat > 2:1067498/1‑237 (MQ=255) 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cATTCTGGTGCTGGCGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 1:732043/239‑1 (MQ=255) cATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 1:874153/239‑1 (MQ=255) cATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 1:396501/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |