| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 48,346 | T→G | 14.2% | V193G (GTG→GGG) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,346 | 0 | T | G | 14.2% | 291.4 / 5.0 | 142 | V193G (GTG→GGG) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/84); new base G (20/10); total (48/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGC‑GGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCT‑ATGTCACGCGTCCGGCGCTGCGTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGT‑TTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCT‑TTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGGCAAGCTCGGAATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTGCTGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTGTTGGCATG > NC_000913/48071‑48614 | tGTTCGGCATGTTACTTGGGCTGGGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGGATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGC‑GGGTGCgctggtgct < 2:828423/274‑1 (MQ=255) ttgtggattgaaCTTGGGCTGCGCTGGGAGGGCGCGGAATTGAACGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCGACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGC‑GGGTGCgctggtgctgg < 2:513628/263‑1 (MQ=255) ttCTGCATGTTACTTGGGCGGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCAGTACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGC‑GGGTGCgctggtgctgg < 1:415309/274‑1 (MQ=255) tCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGCCGTTGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGCGGC‑GGGGGCGgtggtgctggtg > 2:141030/1‑275 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |