| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,140,197 | T→G | 14.8% | H675P (CAC→CCC) | frwA ← | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and II components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,140,197 | 0 | T | G | 14.8% | 260.0 / 3.2 | 119 | H675P (CAC→CCC) | frwA | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and II components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/51); new base G (23/5); total (63/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATTTGCTGTGTGGAATGGCAAAACTAAAGCCCAGACCGGTAGAGAAAAC‑GGCCTCGCGCGCCCACAAGTCGGCTTCCAGTTTACGCGGATAGCGGCAGCGGCCCGCCAGCAGCAGGTTATCGGTCATGCCTTTGAGCACTTCTTCTTTGCTGCGCCAGTCGCTTTCCAGTGTG‑ATGCACTCGGCGG‑TGACCAGCGGTGCGTCTTGTTGGGTCATGCGGAA‑TTGCGCCAGCAGGTGTTCTACTTCCAGCGAAGTACGGCAGGCCATTGCCTGGTTGAGCAACTTGCGGCACTCACGGCTATCAA‑GTTGCGCCATCCGAGCTTTCGCCGCCGGAATTGATGGTGCGCTCATGCTGAGTTCATCCAGCCCTAAGCCGACCAGCAACGGCAGCACGGAACCTTTCGCTCCCAGCTCACCGCACAGACCAATCCATTTGCCCTGGCGATGCACCGCTTGCACGGCGTAATCGAGCG > NC_000913/4139964‑4140434 | aTTTGCTGTGTGGAATGGCAAAACTAAAGCCCAGACCGGTAGAGAAAAC‑GGCCTCGCGCGCCCACAAGTCGGCTTCCAGTTTACGCGGATAGCGGCAGCGGCCCGCCAGCAGCAGGTTATCGGTCATGCCTTTGAGCACTTCTTCTTTGCTGCGCCAGTCCCTTTCCAG‑GTGTATGCACTCGGCGG‑TGACCAGCGGTGCGGCTTGTTGGGTCATGCGGAA‑TTTCGCCAGCAGGTGGTCt > 2:1071011/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |