| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,497 | A→G | 14.8% | G323G (GGA→GGG) | frwC → | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,497 | 0 | A | G | 14.8% | 291.9 / 5.9 | 122 | G323G (GGA→GGG) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/62); new base G (18/4); total (56/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCGCGAAAGCGAAAGGCTGGGAAGTGA > NC_000913/4143261‑4143728 | gggcggtaaaCCGGCAAGGGGGCACTGGTGATGGGCTGGGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGATGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAg < 2:637547/231‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |