| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,368,876 | A→G | 19.7% | E71G (GAG→GGG) | fxsA → | suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,368,876 | 0 | A | G | 19.7% | 160.6 / 5.3 | 87 | E71G (GAG→GGG) | fxsA | suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/41); new base G (16/4); total (42/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGAT‑G‑ATTAA‑AA‑GTGTTTCGCT‑GATCATTGCT‑G‑GTTTGCT‑GCTTTTATTAC‑CGGGC‑TTTTTTACCGACTTCCTCGGTCTTCT‑ACTTTTATTGCCGCCGGTG‑CAAAAGCATCTGACAGTGAAGTTGATGCCG‑C‑ATTTGCGCTTTTCTCGCATGCCTGGCGGCGG‑TTTTAGCGCCGGGACCGGTGGCGGTAATACTTTTGATGGTGAGTACCAGCGAAAGGATGATGAGCGCGA > NC_000913/4368638‑4369107 | taccggtctcttttACAGGGAAAACTTTTGCGCTGTTTTCCTGTTTTTGCCTTTTTCCTTTAGGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAATATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGga < 1:1202185/227‑1 (MQ=255) cccGGTTGTTTTTACATGAGATACCTTTGCGCTTGTTTCCTTTTTTTGCCATTTCCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTTTTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGACAACCCAGCGGTGgag < 1:33991/238‑1 (MQ=255) aCCGGTTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGgag < 2:1147529/239‑1 (MQ=255) aCCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGT‑ATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGgag < 2:1173866/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |