| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,480,112 | C→T | 10.4% | L128F (CTC→TTC) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,480,112 | 0 | C | T | 10.4% | 328.0 / 3.3 | 128 | L128F (CTC→TTC) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/68); new base T (9/6); total (53/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTT‑TGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAA‑GGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGA‑TGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTT > NC_000913/4479877‑4480345 | aTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCACTCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTTTGTTT‑TGATTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTTTTTTTATGGCAGCCAAAGGACTGCGTCCTTAGGGCTTAA‑TTACCATTTTCa > 1:118444/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |