| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 83,780 | C→A | 11.5% | intergenic (‑72/‑588) | leuL ← / → leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 83,780 | 0 | C | A | 11.5% | 284.3 / 2.7 | 124 | intergenic (‑72/‑588) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/51); new base A (2/15); total (55/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAA‑CGGATGTCAACCCTGACGCAATAAAAACGTCCCGCCAGCGTGAGTTCTGCATCCGTAAAATTAGCTAATTGTGCTGCGGTGGTTAAAGTAAGCGATATTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATA > NC_000913/83542‑84017 | tGTCTCTTTTAGAGCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAA‑CGGATGTCAACCCTGACGc < 2:836979/239‑1 (MQ=255) agCGCCTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGACTGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAA‑CGGATGTCAACCCTGCCGCAATAAAAACGt > 2:623744/1‑238 (MQ=255) ccTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATCCAAAAA‑CGGATGTCAACCCTGACGCAATAAAAACGTCCCg > 2:754989/1‑238 (MQ=255) ccTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAA‑CGGATGTCAACCCTGACGCAATAAAAACGTCCCg > 2:635063/1‑238 (MQ=255) ccTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGAAACAAAAA‑CGGATGTCAACCCGGACGAAATAAAAACGTCCCGc > 1:1103256/1‑239 (MQ=255) ccTCGCTTCGGGCATAAAAAAACCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCTGGATGCCGCTCACTCGTCTACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGGGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATAGCATTTTAAAGTTACTGGATACAAAAA‑CGGATGTCAACCCTAACCACATAAAAAccctgg > 1:154296/1‑232 (MQ=255) aaaaaacCCCGCGCAATGGCGCGGGTTTTTTGTTTGACTGCGTGCTGGCTTAATGCCGGATGCCGCTCACTCGTCGACCGCGCAAAGAAGATGCGTTTAGTAGTAGTAGACCGATAAAGCGAACGATGTGAGTCATTAAATCAGCTCCAGATGAATGCGATATGCTTTTAGAGTTACTGGATACAAAAA‑CGGATGTCAACCCTGACGCAATAAAAACGTCCCGCCAGCGTGAGTTCTGc < 2:1181030/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |