| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,686,631 | G→A | 2.8% | A267T (GCC→ACC) | hmp → | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,686,631 | 0 | G | A | 2.8% | 616.8 / 5.3 | 180 | A267T (GCC→ACC) | hmp | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/87); new base A (2/3); total (90/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.81e-02 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GAACTGGAGCCGGTCGACGGTGGCGCAGTGGCAGAATACCGTCCGGGGCAATATCTCGGCGTCTGGCTGAAGCCGGAAGGTTTCCCACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACC‑AGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCA‑CACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGT‑CTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGC > NC_000913/2686343‑2686918 | gAACTGGAGCCGGTCTACGGTGGCGCAGTTGCAGAATACCGGCCGGGGCAATATCTCCGCGTCTGGCTGAAGCCGGAAGGTTTCCCACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAAGCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACC‑AGTGACGTTAATCTCTg < 2:225980/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |