| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 572,774 | G→A | 3.3% | Q103Q (CAG→CAA) | ybcN → | DLP12 prophage, uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 572,774 | 0 | G | A | 3.3% | 496.2 / 2.1 | 147 | Q103Q (CAG→CAA) | ybcN | DLP12 prophage, uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/79); new base A (3/2); total (65/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGTTACGCCATACCTCCGATCTTGATACCGGAGAG‑ATGTATGTCTTCCTGTGTAAGGTTGAAGCCTGGGCGATGAATATTGGTTGCCACCTGACTATTCCACAGAGCTGCGAGTTCCAGCTGCTGCGCGACAAGCAGGAGGCGTAATGGCTACACCGCTTATTCGTGTCATGAACGGACACATCTACAGAGTACCAAATCGTCGTAAGCGTAAACCTGAGCTGAAGCCATCCGAAATACCAACACTGCTCGGATATACCGCCAGCTTGGTTGATAAAAAATGG > NC_000913/572489‑573058 | cAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCg < 1:163753/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |