| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,283,057 | C→A | 12.5% | D297Y (GAT→TAT) | yejK ← | spermidine nucleoid‑associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,283,057 | 0 | C | A | 12.5% | 119.8 / 2.4 | 47 | D297Y (GAT→TAT) | yejK | spermidine nucleoid‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/6); new base A (2/5); total (36/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
AAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGTC > NC_000913/2282819‑2283290 | aacccccccccCGGCGGGGTTTTTGTTTTTTGCAGATTATGCCTGATTACGTGATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGAAAAGGCTTTTACGCCGCATCTTGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAgcatcgcatc < 1:1019327/236‑1 (MQ=255) aCCCCGGTGCGGCGGGGGTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGGTCACGACGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAAATCGGC‑GGCGTGCATTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa < 2:378992/239‑1 (MQ=255) ctccccggcggtttttttttATCGTGAGCTTTTGCCTGAATACGTTCTTGTTATTGTTGGCAGGCCAGGTAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGGCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTa < 1:370194/227‑1 (MQ=255) ggcggGGTTTTTGGTTTCGGCAAGTTTTGGCGGATTCCGGTTTTGTTTTTTTTTCCCAGCCAGATAAGGGCTTCCAGCCGCATTGGGAATTCAGAA‑CCCAAATCCGATTAATTCCCGCCAGCCGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAATTTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCCCCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGt < 1:300173/239‑1 (MQ=255) gcggGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTc > 2:258466/1‑239 (MQ=255) cggGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCCCGCAAATTCGGCGGGCGT‑CCTTTAATGGTCAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAAAA‑GCTTCGTTCCCCTAACACCATCCCATACAAATTAAAAGTCa > 1:743685/1‑239 (MQ=255) aTCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGGATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTCAACCTGACAGCCTGGCATCAAAGTTAATAGTCAAT‑CCACCCCCCCt > 2:901917/1‑239 (MQ=255) 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cACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGCC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATAGGTTGCTGGACCCCAGAA‑GATGCGTTAACCTAACAGACTCGCCTACAAGTTAAAAGTCAAG‑CCACCCCCCCTACCGCCAACATTCGTCAACTGCAGCGCGGGGCTCCGTGCTGCCGGGAAGcacctatcc > 1:580711/1‑231 (MQ=255) ccgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa > 1:907237/1‑152 (MQ=255) ccgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa < 2:907237/152‑1 (MQ=255) cgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAAACGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGTTACCGGCAAACTTCGTCAACTGCCGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAGGCTTCCTTCCAGTTc > 2:721783/1‑239 (MQ=255) cAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCCCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTc > 1:830788/1‑238 (MQ=255) cacaAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCTTAGCCTTTTTCAGCCGc > 2:794164/1‑239 (MQ=255) cacaAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAACCTTTTTCAGCCGc > 2:714405/1‑239 (MQ=255) 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2:667005/174‑1 (MQ=255) aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTACTAGTCAAG‑CCACCGCGCCCACCGGAAACCCTCGTCAACTGACGCAGGGGGCTCCGGCCTGCCGGGAAGCACCCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCACCCCCAAACACCgct > 1:151643/1‑237 (MQ=255) aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGCCCCAGTGCGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAACCTccctt > 2:455845/1‑236 (MQ=255) aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTCCCGGGAAGCTCTCTTCCAGGTCGTAGCCTTTTTCAGCCCCAAACTCCGTg > 1:310867/1‑239 (MQ=255) 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cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGt > 2:936054/1‑238 (MQ=255) | AAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGTC > NC_000913/2282819‑2283290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |