| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,295,699 | T→G | 22.3% | V407G (GTG→GGG) | gltP → | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,295,699 | 0 | T | G | 22.3% | 164.1 / 5.6 | 77 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/45); new base G (18/3); total (29/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAG > NC_000913/4295474‑4295920 | gCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTg < 2:475059/227‑1 (MQ=255) gatttgccTTTCCATTTGGCAGGAAATCATTGTGGTTCTGACGCTGATGGTGTACTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAt < 1:577937/222‑1 (MQ=255) cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGAt > 2:108057/1‑228 (MQ=255) ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAACGTGTTTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTATTGCGGTGGCGGTGCTGGTGGT‑Tg > 2:585305/1‑228 (MQ=255) ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCGGGGGAT‑Tg > 2:194733/1‑228 (MQ=255) tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCCGGGGAT‑TGCCaaagtg > 2:67554/1‑224 (MQ=255) tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGCCTGGGGAT‑TGCCAAggtg > 2:577937/1‑225 (MQ=255) cTGGCAGGAAATCATTCTGGTTCTGACGCTGGTGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAac < 2:186552/227‑1 (MQ=255) aGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGCATCCTCCACCTGGCGCGACCTCGGCTGCACGGGGTGGGTAGTCGGCTGCCGGGGAGGGGGATACGACAAGT‑GGAACACa‑aaa > 1:85010/1‑227 (MQ=255) 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tATCCGCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGCGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:31536/227‑1 (MQ=255) aTCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTTGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCCGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAAt < 2:22343/185‑1 (MQ=255) ctccgaaTGGGGCGTACTGCGCTGAACGGTGTGGGTAATGCGCTGGGGGTGCTGGGTGT‑TGCCAAGTGGGAACAAA‑AATTTGACCGTAAGAAGGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACg < 1:612357/222‑1 (MQ=255) cGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATTAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAAAGTGGGAATGCCTGATTCGACGCTTGGCGCGTCTTCTCAGGCCTACGcc > 2:131552/1‑228 (MQ=255) gaTGGGGCGTTGTGTGCTGAACCGGGTGGTTAATTCGTTGGCGGTGCTGGTGAT‑TTGCAAGTTGGAACAAA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGTGGGCTTAAGAGCGTGAAGGTGTGGGAAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGAATGCCGGGGATAGCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGGCGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGa < 1:627801/227‑1 (MQ=255) ggCGCGTACTGGGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAT‑TGCCAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACa < 2:532872/227‑1 (MQ=255) ttcgctgttctgtgtggGGAATGTGGTGGTGGTTGTGGGTAG‑TGCTAAGTGGGAACACA‑AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGCGCTGGGCAAATTTG‑ATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGGCGGGGATATCAACTCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGc < 1:263419/215‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |