| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,430,346 | A→G | 14.7% | E161G (GAG→GGG) | cycA → | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,430,346 | 0 | A | G | 14.7% | 183.5 / 4.0 | 84 | E161G (GAG→GGG) | cycA | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/40); new base G (12/2); total (41/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCG‑ATGCACTTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAAG‑CGTCATTCGCGCA‑TTTGTGGAA‑TGAC‑GGC‑GGCT‑GGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTAGGTACAACAGCTGCGGAAACCAA > NC_000913/4430119‑4430580 | aTCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTTCTGACGCT‑CCATCTCGCCCCCCGGAAAATGTTCGGGGAGATGGAGTTCTGGtttt > 1:909911/1‑238 (MQ=255) tttttgtttcTTTGCTTCCGTTTTTCTTGGGCTGTGGGGATGTTATTTCCCCGGCTGGATTTCATGGTTGTGGTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGGGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGGCTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCga < 2:390545/230‑1 (MQ=255) ttttGTGGCTTCGGTTTCTGTTTTCTTGGGCCGGTGGTAGGATTTTTCACCGGTGGGTCTTTCTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCgat < 2:216166/239‑1 (MQ=255) gACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCGTCGCTGGCGGTGTTAGGGCGTCTGCCGCCGCTCCAATTCCGCCCCGGGGAAAAT‑TGCGGTGGGGGGGAGGTTTGGTTTGGCATG‑AACaa > 2:535596/1‑239 (MQ=255) cTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGCGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTACCCGATCTCTCGGCCGGGGTGGCCTCGCTGGCGGGGAGTGTGCTCGTGATGACGCC‑CAATCTCGGCCCCGGGAAAAAGTTCGGTGGGGTGGGGGCTGGGTTTGGGTTG‑AACaaaa > 2:163608/1‑239 (MQ=255) ttCGCTTCCGATTTGCTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCCCCGGCTGGGCTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTAGGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAAt < 1:81013/239‑1 (MQ=255) gttttcgttttttccGGGCCGTGGGCAGGTTTTTTTACCGGCTGGACTTTCTGGTTCTGCTGGGTTTTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAAtcgt < 2:454643/225‑1 (MQ=255) ttCCGGTTTCCTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGGTCTGCTGGGCTGTAACCGGTATGGCAAACGTGGTGGCGATCAAGGCTTAAGCTACGGTCTGGTTCCCCGAACTCTCCGGCTGGGTCGCCTCGCAGGCGGGGGTATGGCCGCTGACGACGCC‑CCACATCGGCCCCGCGAAAATGTTCCGTTCGATGGGGTTCCTGTTTGGGATG‑ATCaacaccagac > 2:569050/1‑231 (MQ=255) tCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGc < 1:12137/239‑1 (MQ=255) cgttttACCCGGGCCTTGGGCAGGATATTTCCCCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCa < 1:201144/236‑1 (MQ=255) ttttACCGGGGCCGTGGGCATGATATTTCACCGGGTGTACTTACTGTTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCAtt < 1:594930/238‑1 (MQ=255) gCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGCTCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGGTAGGGCTGCCGCTTACGCC‑CAATTCCGCCCCCCTGAAAAAGTTTGGGGGGATGGGGGTTTGGTTTTCAATGTAACAAAA‑CGTCGGCATTGGGTTGcggg > 2:874192/1‑236 (MQ=255) gCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGGGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGGGGTGGGGGTCTGGGTTTCGATG‑ATCAAAATACTCCCCAtttggtgcctgg > 1:651863/1‑229 (MQ=255) 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2:93113/187‑1 (MQ=255) cGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCg > 1:93113/1‑187 (MQ=255) ctgctgGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGc > 1:671153/1‑211 (MQ=255) ctgctgGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGc < 2:671153/211‑1 (MQ=255) ctgGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGGCGGC‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGGGGTGGGGGTTTGGTTTTCGGTG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTGGGTGGTTGTCGTCGGCCCGGGCAtgggtggggtgcccctttagtac > 2:733578/1‑218 (MQ=255) 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ggtgATCCCGGCTTTTGCGCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCGCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCG‑ATGCACTTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAAG‑CGTCATTCGCGCA‑t < 2:909911/235‑1 (MQ=255) ggCGATAACGGTTTATGCTCAGTTCTGGGTCCCCGAGCCCTCCGGCTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAAGGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCG‑ATGCACTTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAAG‑CGTCATTCGCGCA‑t < 1:662232/238‑1 (MQ=255) tCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACT‑GGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGtt > 1:50776/1‑120 (MQ=255) tCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACT‑GGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGtt < 2:50776/120‑1 (MQ=255) 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ATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCT‑CAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATG‑ATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCG‑ATGCACTTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAAG‑CGTCATTCGCGCA‑TTTGTGGAA‑TGAC‑GGC‑GGCT‑GGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTAGGTACAACAGCTGCGGAAACCAA > NC_000913/4430119‑4430580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |