| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,916,431 | T→G | 11.3% | H315P (CAC→CCC) | atpD ← | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,916,431 | 0 | T | G | 11.3% | 234.2 / 2.3 | 109 | H315P (CAC→CCC) | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/54); new base G (15/3); total (52/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CACGCGCTACCACCAGTTTGTCTTCTTCAGACAGTTCATCCATACCCAGGATGGCGATGATGTCTTTCAG‑TTCCTGATAACGTTGCAGGATGGACTGAACGCCACGCGCGGTGTCGTAGTGTTCCTGACCAACCACCAGCGGGTCCAGCTGACGGCTGGTGGAGTCCAGCGGGTCAACGGCCGGGTAGATACCCAGAGACGCGATCTGACGGCTCAGTACCACGGTTGCGTCAAGGTGCGCAAAGGTGGTTGCCGGAGAC‑GGGTCAGTCAAGTCATCCGCAGGTACGTATACTGCCTGTACGGAGGTGATAGAAC‑CAGTTTTG‑‑GTGGAGGTGATACGTTCCTGCAGAACGCCCATCTCTTCCGCCAGGGTCGGCTGATAACCTACCGCTGAAGGCATACGGCCCAGCAGTGCGGATACTTCCGTACCGGCCAGGGTGTAACGATAGATGTTGTCAACGAACAGCAG > NC_000913/3916195‑3916660 | cccggcgtACCCCCAGTTTGTCTTCCTCAGACAGTTCATCCATACCCAGGATGGCGATGATGTCTTTCAG‑TTCCTGATAACGTTGCAGGATGGACTGAACGCCACGCGCGGTGTCGTAGTGTTCCTGACCAACCACCAGCGGGTCCAGCTGACGGCTGGTGGAGTCCAGCGGGTCAACGGCCGGGTAGATACCCAGAGACGCGATCTGACGGCTCAGTACCACGGTTGCGTCAAGGTg < 1:179659/231‑1 (MQ=255)cACGCGCTACCACCAGTTTGTCTTCTTCAGACAGTTCATCCATACCCAGGATGGCGATGATGTCTTTCAG‑TTCCTGATAACGTTGCAGGATGGACTGAACGCCACGCGCGGTGTCGTAGTGTTCCTGACCAACCACCAGCGGGTCCAGCTGACGGCTGGTGGAGTCCAGCGGGTCAACGGCCGGGTAGATACCCAGAGACGCGATCTGACGGCTCAGTACCACGGTTGCGTCAAGGGgc > 1:668163/1‑239 (MQ=255)cACGCGCTACCACCAGTTTGTCTTCTTCAGACAGTTCATCCATACCCAGGATGGCGATGATGTCTTTCAG‑TTCCTGATAACGTTGCAGGATGGACTGAACGCCACGCGCGGTGTCGTAGTGTTCCTGACCAACCACCAGCGGGTCCAGCTGACGGCTGGTGGAGTCCAGCGGGTCAACGGCCGGGGAGATACCCAGAGACGCGATCTGACGGCTCAGTACCACGGTTGCGTCAAGGGgc > 1:917936/1‑239 (MQ=255) cgcgCTACCACCAGTTTGTCTTCTTCAGACAGTTCATCCATACCCAGGATGGCGATGATGTCTTTCAG‑TTCCTGATAACGTTGCAGGATGGACTGAACGCCACGCGCGGTGTCGTAGTGTTCCTGACCAACCACCAGCGGGTCCAGCTGACGGCTGGTGGAGTCCAGCGGGTCAACGGCCGGGTAGATACCCAGAGACGCGATCTGCCGGGTCAGTACCCCGGTTGCGTCAAGGGgcgc > 1:499765/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |