| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,428,307 | A→G | 5.6% | T140T (ACT→ACC) | insH1 ← | IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,428,307 | 0 | A | G | 5.6% | 323.3 / 8.4 | 123 | T140T (ACT→ACC) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/51); new base G (6/2); total (69/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGC‑CTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGG‑CCAGTTGATGCTGCTC‑GAGCA‑GGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGATTTCGTACAGGGCATCTTCCATGGCACCGTCGCT‑CAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACG > NC_000913/1428078‑1428543 | caatttgctccccctccgggaGCATATTCCCCAGCTTGTTGAGGTCATGCGCTTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACGAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTTCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCtt < 2:470364/217‑1 (MQ=11) aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTTATTGAGGTCATGCTCGGTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTggg < 1:244916/239‑1 (MQ=37) cttccctctctGCCTGAAGCGTATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGGGGTGACCAGGCTGTGGTTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtc < 2:245432/232‑1 (MQ=11) aTTGCTTCTTTCCATGAAGCTGATTTCCCAGCTTATTTAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTTGTGACCAGGTGTTGGGTCAGGCCACTTTTGGCATCGACCCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtc < 1:541374/239‑1 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |